Antivirusinė programinė įranga serveriams veikia panašiai kaip antivirusinė programinė įranga atskiriems kompiuteriams. Serverių apsaugos nuo virusų tipai apima nuskaitymą realiuoju laiku, apsaugos nuo šnipinėjimo ir kenkėjiškų programų paketus bei viso failų nuskaitymo ir pašalinimo programas. Kai kurios antivirusinės programos veikia konkrečių tipų serveriuose, pvz., SQL ir tarpiniuose serveriuose. Dauguma serverių apsaugos nuo virusų programų aktyviai stebi interneto srautą ir failų perdavimą.
Svarbus serverių antivirusinės programinės įrangos tipas yra nuskaitymas realiuoju laiku. Šio tipo programinė įranga gali būti viso apsaugos nuo virusų paketo arba atskiros programos funkcija. Nuskaitymo realiuoju laiku programinė įranga aktyviai tiria visus failus ir ryšius, perduodamus per interneto ir intraneto ryšio prievadus. Jei programa aptinka grėsmę arba įtartiną interneto protokolo (IP) adresą, ji ją blokuoja arba karantinuoja.
Realiuoju laiku nuskaitančios virusų programos nustatymus galima konfigūruoti pagal organizacijos poreikius. Tinklo administratoriai paprastai yra atsakingi už tai, kokių tipų antivirusinės programos yra reikalingos. Administratorius gali tinkinti nuskaitymo programą, kad ieškotų konkrečių failų tipų ir IP adresų. Dauguma nuskaitymo programų, saugomų serveryje, gali ištirti visą srautą atskiruose įrenginiuose, kurie yra prijungti prie vietinio arba plačiojo tinklo.
Populiarus ir esminis serverių antivirusinės programinės įrangos tipas yra programa, kuri ieško virusų programų visuose saugomuose failuose. Į daugumą šių programinės įrangos paketų įtraukta tokia programa reguliariai tiria jau esančius failus. Tinklo administratoriai gali nustatyti tam tikrą programos veikimo laiką ir dienas, o tai taip pat pašalins užkrečiamas programas iš esamų failų. Paprastai programa pateikia tam tikrą pranešimą administratoriui, kuriam gali tekti ištrinti užkrėstus failus, kad būtų visiškai pašalintas virusas.
Aktyvios nuskaitymo programos yra dar vienas serverių antivirusinės programinės įrangos tipas. Tokio tipo programos nuskaito serverius dėl galimų spragų, dėl kurių jie gali būti imlūs įsilaužimams. Šios programos gali ne tik ieškoti galimo pažeidžiamumo, bet ir pateikti tinkamus pataisymus, kurie gali sustiprinti serverio apsaugą nuo nepageidaujamų atakų.
Antivirusinė programinė įranga serveriams gali būti pritaikyta prie naudojamo serverio tipo. Įvairios serverio programos kelia skirtingas suderinamumo ir saugumo problemas. Pavyzdžiui, apsaugos nuo virusų programa gali trikdyti serverio greičio galimybes. SQL arba struktūrinių užklausų kalbos serveriams gali kilti didesnė rizika, jei jie naudojami viešajame vietiniame tinkle arba tvarko ir el. pašto, ir interneto srautą. Dėl šios priežasties antivirusinės programinės įrangos paketai, apimantys apsaugą nuo kelių įsibrovimo būdų, gali būti tinkamesni.