Iš esmės yra du būdai, kaip pašalinti pasikartojančius failus: rankiniu būdu ir automatiškai. Pašalinus pasikartojančius failus rankiniu būdu, reikia ieškoti ir ištrinti failus po vieną. Automatinį pašalinimą atlieka pasikartojančių failų paieškos programinė įranga, kurios dauguma operacinių sistemų nėra iš anksto įdiegtos. Kartais užuot automatiškai ištrynę visus dublikatus, pasikartojančių failų ieškikliai leidžia vartotojui pasirinkti, kuriuos failus pašalinti, todėl procesas vyksta tiek automatiškai, tiek rankiniu būdu. Daugelis pasikartojančių failų ieškiklio yra reklaminės programos, o tai reiškia, kad įdiegus programą gali atsirasti nepageidaujamų iššokančiųjų langų arba dažnai bus prašoma įsigyti visą programą.
Jei yra nedaug failų, kuriuos reikia ištrinti, greičiausiai neužtruks, kol pasikartojantys failai bus pašalinti rankiniu būdu. Jei naudojate „Microsoft®“ operacinę sistemą, tiesiog vilkite failą į šiukšliadėžę, kad laikinai jį pašalintumėte. Jei esate tikri, kad failas yra dublikatas, kurį reikia ištrinti, skiltyje Failas pasirinkite parinktį Ištuštinti šiukšlinę, kad visam laikui ištrintumėte jo turinį. Naudojant Mac OS® kompiuterį, procesas yra panašus, tačiau vietoje šiukšliadėžės yra šiukšliadėžės piktograma. Nesvarbu, kokia operacinė sistema naudojama, laikinai ištrintą failą paprastai galima atkurti, jei šiukšlių dėžė ar šiukšliadėžė nebuvo ištuštinta.
Norėdami automatiškai pašalinti pasikartojančius failus, atsisiųskite ir įdiekite patikimą pasikartojančių failų ieškiklį. Yra daugybė šių programų, ypač skirtų „Windows®“ operacinėms sistemoms. Paleidus programą, kompiuteris nuskaitys, ar nėra pasikartojančių failų. Atsižvelgiant į programos sudėtingumą, ji paprašys ištrinti visus dublikatus arba leis pasirinkti, kuriuos pasilikti prieš pašalinant likusius. Tai greičiausias būdas rasti ir ištrinti daug dublikatų, tačiau yra tam tikrų trūkumų; Pavyzdžiui, programa gali būti reklamuojama programinė įranga arba ją reikia įsigyti prieš ištrinant dublikatus.
Ieškodami failų ieškiklio, kuris pašalintų pasikartojančius failus, apsvarstykite galimybę pasirinkti tokį, kuris būtų gerai peržiūrėtas, ypač jei nusprendėte jį įsigyti. Taip pat prieš atsisiųsdami įsitikinkite, kad programa yra suderinama su jūsų naudojama operacine sistema. Jei pasirinkote įsigyti pasikartojančių failų ieškiklį, išbandykite jį prieš pirkdami, kad neįstrigtumėte naudojant programą, kuri jums nepadeda. Nors kai kurioms programoms suteikiama 14–30 dienų pinigų grąžinimo garantija, ne visos tai daro ir nėra teisiškai įpareigotos tai daryti. Taip pat galbūt norėsite atsispausdinti kvitą, jei vėliau reikės dar kartą atsisiųsti programą.