Įprastą kompiuterio operacinę sistemą sudaro aplankai, kuriuose yra duomenų, susijusių su kompiuteryje esančiomis programinės įrangos programomis. Šie aplankai, vadinami katalogais, yra programinės įrangos ir operacinės sistemos indeksai, skirti tvarkyti konkrečius kompiuterio failus. Normalu pastebėti, kad kataloge yra pakatalogis, kuris yra tiesiog kitas katalogas operacinės sistemos katalogų medyje.
Pakatalogis yra ne kas kita, kaip katalogas kitame kataloge arba aplankas aplanke. Visi katalogai gali tapti pakatalogiais, išskyrus pagrindinį katalogą, kuris paprastai vadinamas šakniniu arba pirminiu katalogu. Šakninis katalogas yra pirminis katalogas, esantis katalogų medžio viršuje.
Katalogas yra aplankas, kuriame yra informacijos, susijusios su konkrečiomis užduotimis, failai. Daugelio šių aplankų pavadinimą ir turinį galima keisti. Kaip ir bet kurį katalogą, juos taip pat galima perkelti arba nukopijuoti į kitą operacinės sistemos katalogą.
Daugumoje operacinių sistemų sukuriama tūkstančiai failų, skirtų įprastoms kompiuterio operacijoms valdyti. Šios failų sistemos yra gana sudėtingos ir sėkmingam valdymui reikalinga didelė katalogų medžio struktūra. Įprasta pastebėti, kad konkrečiame kataloge gali būti pakatalogių, kurie yra apsaugoti nuo vartotojo pakeitimų. Ši apsauga būtina norint užtikrinti kompiuterio operacinės sistemos veikimo stabilumą.
Naudojant bet kurią operacinę sistemą svarbu sukurti prasmingą katalogų medį, nes tai užtikrina tinkamą kritinės informacijos identifikavimą ateityje. Katalogų medį galima palyginti su indeksų katalogu, kuris paprastai yra daugelyje bibliotekų. Šis katalogas yra pagrindinis būdas rasti informaciją pagal konkrečią temą, o pakatalogis yra papildomas informacijos apie konkrečią temą apibūdinimas.
Daugelis grafinių vartotojo sąsajų (GUI) ir operacinių sistemų gali išlaikyti tik ribotą pakatalogių skaičių kataloge. Nors tai skiriasi priklausomai nuo programinės įrangos, geriausia pakatalogius apriboti iki valdomo atskyrimo lygio. Per daug pakatalogių lygių tampa sunku prižiūrėti, todėl jų reikėtų vengti.
Įdomi daugumos operacinių sistemų katalogų funkcija yra galimybė paslėpti failus. Paslėpti failai arba paslėpti pakatalogiai yra būdas apsaugoti informaciją nuo kompiuterio vartotojų ar įsilaužėlių. Paslėptas katalogas yra žymeklis, kuris dedamas į katalogą, kad būtų galima identifikuoti aplanką kaip paslėptą, todėl paieška praleis apsaugotą aplanką arba pakatalogią.