2000-aisiais ir 2010-aisiais, kai debesų kompiuterija tapo vis labiau paplitusi, iškilo daug įvairių debesų kompiuterijos problemų. Vieni iš didžiausių rūpesčių yra susiję su asmeninės informacijos kontrole ir saugumu, kuri yra saugoma debesų įmonės ir yra už asmens serverio saugumo. Nors susirūpinimas ir toliau kyla, debesijos paslaugų teikėjai stengiasi išspręsti debesų kompiuterijos problemas, kol jos nesukels nepatogumų savo klientams.
Viena didžiausių debesų kompiuterijos problemų yra saugumo problema. Debesijos paslaugų teikėjai savo serveriuose talpina daug duomenų, o daugelis žmonių ir įmonių nerimauja, kad atokiose vietose saugomus duomenis gali nulaužti vagis ar buvęs darbuotojas. Tačiau paslaugų teikėjai į saugumą investuoja daug išteklių, dažnai daugiau, nei investuotų paprastas žmogus ar įmonė.
Duomenų perkėlimas iš vieno kompiuterio ar sistemos į kitą yra dar viena iš debesų kompiuterijos problemų, dėl kurių nerimauja daugelis žmonių. Sukūrus ir naudojant kelias programas ir formatus, duomenis turi būti galima lengvai perkelti iš vienos sistemos į kitą. Nors kai kurie debesies paslaugų teikėjai saugo duomenis taip, kad kai kurioms operacinėms sistemoms sunku juos gauti, daugelis teikėjų naudoja formatus, kuriuos lengva konvertuoti iš vienos operacinės sistemos į programas ir atvirkščiai. Tai žinoma kaip kelių platformų palaikymas.
Galimybė pasiekti duomenis yra dar viena debesų kompiuterijos problema. Taikant debesų kompiuteriją, duomenys saugomi tiekėjo turimuose nuotoliniuose serveriuose ir pasiekiami internetu. Interneto paslaugos arba serverių veikimo sutrikimas gali trukdyti vartotojui pasiekti savo duomenis. Debesijos paslaugų teikėjai numato tokius sutrikimus ir bando juos kompensuoti turėdami atsargines sistemas ir serverius, kuriuos klientas gali pasiekti, jei neveikia pirminiai.
Kita debesų kompiuterijos problema yra duomenų nuosavybė ir intelektinės nuosavybės teisės. Debesijos paslaugų teikėjo ir kliento susitarimuose nurodomos teisinės problemos, kurios gali kilti, jei abi šalys ginčija debesyje saugomos informacijos nuosavybės teisę. Daugelis debesijos paslaugų teikėjų turi sutartis, kuriose aiškiai nurodyta, kad bet kokia nuosavybė, kurią klientas įdeda į debesį, ir toliau priklauso klientui.