Kaip ir daugelis kitų vaistų, antibiotikai turėjo teigiamą poveikį, padėdami išvengti bakterinių infekcijų, kurias kažkada buvo sunku gydyti. Vis dėlto didėja susirūpinimas, kad dėl pernelyg didelio gydymo antibiotikais atsirado pavojingų antibiotikams atsparių bakterijų padermių. Kitas svarbus ginčų šaltinis buvo antibiotikų vaistų vartojimas maisto pramonėje, siekiant auginti gyvulius ir padidinti gamybą, o tai sukėlė susirūpinimą dėl neigiamo poveikio gyvūnų ir žmonių sveikatai. Kaip ir visi vaistiniai preparatai, antibiotikai gali turėti neigiamą šalutinį poveikį, kurį gali sukelti alerginė reakcija, netinkamas naudojimas arba atsitiktinis gerųjų bakterijų sunaikinimas kartu su blogosiomis. Kai žmonija daugiau sužino apie jų naudą ir trūkumus, visuomenė ir medikų bendruomenė mokosi, kaip pritaikyti gydymą antibiotikais, kad jie turėtų kuo sveikesnį poveikį.
Antibiotikų atradimas XX amžiuje buvo lūžio momentas visuomenei ir medikų bendruomenei, lygiai taip pat, kaip ir skiepų atradimas. Skiepai nugalėjo mirtinus virusinius negalavimus, kuriems žmonės buvo gana bejėgiai atsispirti, pavyzdžiui, poliomielitą, gripą ir sausgyslių uždegimą, o antibiotikai buvo būdas sunaikinti blogąsias bakterijas, kurios anksčiau sukeldavo sekinančias ir galimas mirtinas infekcijas, tokias kaip tuberkuliozė, meningitas ir pneumonija. Mirtingumas nuo bakterinės infekcijos labai sumažėjo, o gyventojai tapo sveikesni. Vis dėlto, gydytojams ligoms gydyti skiriant rekordinius antibiotikų kiekius, paaiškėjo, kad per didelis jų vartojimas gali turėti trūkumų.
Populiarėjant antibiotikams, pacientai į juos žiūrėjo kaip į įprastą gyvenimo dalį, o gydytojai išrašė jų rekordiškai daug. Dėl to kilo nenumatyta problema: pradėjo vystytis tam tikros bakterijos ir augo imunitetas gydymui antibiotikais. Bakterijų gebėjimas mutuoti reaguojant į gydymą buvo vadinamas atsparumu antibiotikams. Ligos, kurios kažkada atrodė galutinai išmuštos antibiotikais, vėl atgijo. Ne tai, kad antibiotikai staiga tapo neveiksmingi, bet dalis jų galios buvo prarasta. Tai įvyko ne tik dėl per didelio vartojimo ir receptų išrašymo, bet ir dėl netinkamo vartojimo. Visuomenė tam tikru mastu antibiotinius vaistus vertino kaip tvarstį nuo visko, net ir nuo virusinių ligų, kurių negalėjo išgydyti. Todėl šiuolaikinė medicinos visuomenė skatina vartoti antibiotikus tik tada, kai tai būtinai būtina, tikėdamasi, kad gydymas išliks veiksmingas.
Susirūpinimą sukėlė ir antibiotikų vaistų vartojimas maisto pramonėje. Agrarinė visuomenė pradėjo naudoti antibiotikus gyvūnams dėl tos pačios priežasties, kodėl žmonės juos naudoja: gydyti bakterines ligas. Tačiau laikui bėgant paaiškėjo, kad antibiotikai gali sukelti gyvūnų svorio padidėjimą. Pavyzdžiui, kai kuriems ūkininkams ir ūkininkams papildomas svoris davė didelį pelną su karvėmis. Tyrimai parodė, kad per didelis antibiotikų vartojimas gyvūnams sukėlė superbakterijų arba antibiotikams atsparių bakterijų, kurias žmonės gali nuryti valgydami mėsą. Tokiu atveju su maistu susijusi liga žmogui gali būti nepagydoma antibiotikais. Taip pat susirūpinimą kelia neigiamas poveikis gyvūnų sveikatai. Gerbiami medikų balsai, tokie kaip Pasaulio sveikatos organizacija (PSO), ragino visuomenę apsvarstyti antibiotikų keliamą pavojų gyvūnams ir apriboti jų naudojimą.