Kartu su tūkstančiais kitų žydų šeimų frankai paliko nacistinę Vokietiją ketvirtojo dešimtmečio pradžioje augant antisemitizmui ir galiausiai susikūrė naujus namus Amsterdame. Otto Frankas ir jo žmona Edith kartu su savo dukromis Margot ir Anne atnaujino įprastą gyvenimą iki 1930 m., kai Vokietija užpuolė Nyderlandus. Kai 1940 m. liepos mėn. Margot gavo gestapo įsakymą atvykti į darbo stovyklą, šeima kartu su dar keturiais pasislėpė. Jie buvo paslėpti dvejus metus, iki atradimo 1942 m. rugpjūtį. Pasaulis vėliau sužinojo apie jų slaptą gyvenimą, kai 1944 m. jos tėvas išleido Anne Frank dienoraštį, kuris buvo vienintelis šeimos narys, išgyvenęs Holokaustą. Apskritai, vyresnioji Anne sesuo Margot taip pat buvo talentinga rašytoja ir gili mąstytoja. Buvo žinoma, kad frankų slapstymosi metais Margot rašė savo dienoraštį, tačiau jis niekada nebuvo rastas.
Po slaptojo priedo:
„Jaunos mergaitės dienoraštis“ tapo vienu žinomiausių istorijos pasakojimų apie žydų patirtį Antrojo pasaulinio karo ir Holokausto metu ir buvo išverstas į 70 kalbų. Anne knygoje mini Margot dienoraštį.
Po jų atradimo Frankų šeima buvo suimta ir išvežta į Vesterborko tranzito stovyklą, o paskui į Aušvicą, kur Edith Frank mirė iš bado. Margot ir Anne buvo perkeltos į Bergeną-Belseną šiaurės Vokietijoje.
Manoma, kad 19 metų Margot ir 15 metų Anne užsikrėtė šiltine Bergene-Belsen ir mirė 1945 m. vasario arba kovo mėn., likus kelioms savaitėms iki Didžiosios Britanijos armijai išlaisvinant stovyklą.