Mikrobangų krosnelė tikrai buvo prieštaringiausias iš visų su virtuve susijusių išradimų. Dauguma susirūpinimą keliančių mikrobangų sauga yra susiję su jų skleidžiamos spinduliuotės kiekiu. Žodis „radiacija“ mums, gyvenantiems taip, kaip branduolinės energijos amžiuje, turi įvairiausių konotacijų. Veikdama mikrobangų krosnelė skleidžia spinduliuotę, tačiau svarbu apibrėžti, kas yra spinduliuotė ir kokį pavojų ji kelia žmonėms, jei tokių yra.
Moksliškai kalbant, spinduliuotę sudaro bet kokios bangos, kurios sudaro elektromagnetinio spektro dalį. Matoma šviesa, radijo ir televizijos signalai bei nuotolinio valdymo pultelių naudojami infraraudonieji spinduliai yra visos spinduliuotės formos. Mes nuolat tam tikru mastu esame apsupti bet kokios rūšies spinduliuotės. Kaip dauguma žmonių žino, kai kurios spinduliuotės formos, pavyzdžiui, rentgeno spinduliai, gali būti pavojingos ar net mirtinos, kai yra pakankamai dideli kiekiai. Mikrobangų krosnelėse naudojama spinduliuotė turi labai ilgą bangos ilgį, todėl mūsų akys jos nematomos. Tačiau jis yra tik tinkamo bangos ilgio, kad sužadintų vandens molekules ir taip jas šildytų, o tai savo ruožtu šildo bet kokį maistą, esantį mikrobangų krosnelėje.
Didžioji dalis mikrobangų spinduliuotės, kurią sukuria mikrobangų krosnelės, yra pačioje orkaitėje, kol ji veikia. Gali išbėgti nedidelis kiekis, o tai normalu ir nekelia nerimo. Bet koks mikrobangų krosnelių poveikis ar pavojus yra gana švelnus, palyginti su pavojingesnėmis energijos rūšimis, tokiomis kaip gama spinduliai ir rentgeno spinduliai. Pagrindinis objekto veikimo mikrobangomis rezultatas yra tas, kad jis bus šildomas. Todėl nudegimai yra pagrindinis mikrobangų krosnelės keliamas pavojus, kaip ir bet kokio kito gaminio, kuriame gaminant maistą naudojama šiluma, pavojus.
Vienu metu buvo taip, kad nedidelis mikrobangų nuotėkis galėjo sutrikdyti širdies stimuliatorių darbą, jei kas nors su širdies stimuliatoriumi per ilgai stovėjo per arti mikrobangų krosnelės. Tie, kurie kuria širdies stimuliatorius ir jų naudojamas baterijas, nuo tada ištaisė daugumą šių problemų, nors nėra garantijos, kad netinkamai veikianti mikrobangų krosnelė negali kelti tam tikro pavojaus. Nors dauguma mikrobangų krosnelių yra visiškai saugios naudoti, reikės atlikti daugiau tyrimų, kad būtų nustatytas saugus mikrobangų spinduliuotės lygis. Tai gali užtrukti, nes sunku ištirti, koks yra labai žemo radiacijos lygio poveikis žmogui per visą gyvenimą.