Apskritai nėštumo metu turėti šaknies kanalą yra saugu. Šaknies kanalas apima pažeistų nervų ir pulpos pašalinimą iš paciento danties. Dažnai rentgeno spinduliai, kurių moteriai gali prireikti prieš šaknies kanalą, jo metu arba po jo, kelia susirūpinimą nėštumo metu, tačiau paprastai jie nekelia didelės rizikos. Moterys dažnai nerimauja dėl vaistų, kuriais nutirpsta burnos šaknies kanalas, tačiau dažniausiai jie taip pat yra saugūs. Be to, moteriai nereikia jaudintis dėl drėkinimui naudojamų chemikalų ar per šaknies kanalą naudojamų dervų, nes jie paprastai nekenkia besivystančiam vaisiui.
Daugelis žmonių mano, kad šaknies kanalas nėštumo metu yra pavojingas ir, kai tik įmanoma, to reikėtų vengti. Tačiau tiesa ta, kad nėštumo metu šaknies kanalą turėti paprastai saugu. Tiesą sakant, šaknies kanalas gali padėti apsaugoti besivystančio kūdikio sveikatą. Taip yra dėl to, kad negydomas nesveikas dantis gali smarkiai užsikrėsti. Šio tipo infekcija gali tapti tokia sunki, kad pažeidžia kitą kūno dalį, tačiau danties gydymas padeda pašalinti šią riziką.
Pagrindinis moters susirūpinimas dėl šaknies kanalo atsiradimo nėštumo metu gali būti rentgeno spindulių poreikis. Tačiau daugeliu atvejų rizika besivystančiam vaikui yra minimali. Rentgeno spinduliai, reikalingi šaknų kanalų gydymui, yra nukreipti į moters burną, o ne į pilvą, kur jie gali paveikti jos kūdikį. Be to, stomatologas greičiausiai parūpins švininę liemenę, kurią moteris gali naudoti, kad apsaugotų savo pilvą, jei nėštumo metu jai reikia rentgeno spindulių. Vis dėlto odontologai paprastai rekomenduoja moterims palaukti, kol bus atliekamos įprastinės rentgeno nuotraukos, kol jos pagimdys; nėštumo metu dažniausiai atliekamos tik tos, kurios būtinos šaknies kanalui ar kitoms odontologinėms procedūroms.
Kalbant apie vaistus ir chemikalus, naudojamus atliekant šaknų kanalus, dauguma jų yra laikomi saugiais. Vaistai, vartojami burnai nutirpti per šaknies kanalą nėštumo metu, paprastai neprasiskverbia per placentą ir nepažeidžia besivystančiam vaisiui. Skystis, naudojamas paciento burnai drėkinti, gali turėti natrio hidrochlorido ar panašios cheminės medžiagos, tačiau šaknies kanalui naudojamas kiekis paprastai yra per mažas, kad galėtų neigiamai paveikti vaisius. Taip pat šaknų kanalų procedūros metu naudojamos dervos paprastai nekelia grėsmės besivystančio kūdikio sveikatai.