Kai kurios moterys nėštumo metu vartoja ondansetroną rytiniam pykinimui kontroliuoti. JAV maisto ir vaistų administracija (FDA) priskyrė B nėštumo kategorijos vaistą, todėl paprastai laikoma, kad jis yra saugus pykinimui nėštumo metu. Tačiau jo reikia vartoti tik tada, kai būtina, pvz., kai moteris negali suvalgyti dėl stipraus pykinimo. Tokiais atvejais bet koks galimas neigiamas ondansetrono poveikis paprastai laikomas geresniu už žalą, kuri gali kilti vaisiui, jei motina negauna reikiamų maistinių medžiagų. Dėl šios priežasties nėščios moterys raginamos prieš vartodamos šį vaistą aptarti privalumus ir trūkumus su gydytoju.
Ondansetronas priskiriamas B nėštumo kategorijos vaistams, nes 2011 m. nebuvo baigti jokie kontroliuojami tyrimai su nėščiomis moterimis. Tačiau mokslininkai atliko tyrimus su gyvūnais, kad išsiaiškintų ondansetrono poveikį nėštumo metu. Remiantis rezultatais, šis vaistas nepadarė žalingo poveikio gyvūnų vaisiams. Be to, gyvūnai ne visada reaguoja į vaistus taip pat, kaip žmonės, todėl sunku tiksliai pasakyti, ar ondansetronas nėštumo metu nepakenks vaisiui. Turėdami tai omenyje, gydytojai nesiūlys šio vaisto, nebent jie bus tikri, kad jų nėščioms pacientėms jo reikia dėl sveikatos priežasčių.
Pagrindinė priežastis, dėl kurios daugelis gydytojų vis dar skiria ondansetroną, nepaisant tyrimų su žmonėmis trūkumo, yra ta, kad nedidelė neigiamo poveikio tikimybė dažnai yra geresnė nei alternatyva. Pavyzdžiui, kai kurios moterys nėštumo metu kenčia nuo hyperemesis gravidarum, o tai reiškia, kad jos gali išmesti beveik viską, ką valgo. Moterys, kenčiančios nuo šios būklės, taip pat paprastai negali sulaikyti skysčių, todėl kyla dehidratacijos pavojus. Tai kartu su maistinių medžiagų trūkumu, kurį sukelia daugumos maisto produktų vėmimas, gali labai pakenkti tiek motinai, tiek vaisiui. Yra žinoma, kad dehidratacija ir nepakankama mityba yra žalingi, o ondansetronas nėštumo metu neturi žinomo žalingo poveikio, todėl pastarojo vartojimas paprastai laikomas geriausiu pasirinkimu.
Daugeliui moterų, vartojančių ondansetroną nėštumo metu, jo reikia tik pirmąjį trimestrą, kai dažniausiai jos kenčia nuo rytinio pykinimo. Tačiau kai kurioms moterims jo reikia visą nėštumą. Tokiais atvejais jų gydytojas greičiausiai iš naujo įvertins situaciją kiekvieno prenatalinio susitikimo metu, kad nustatytų, ar ondansetrono nauda nėštumo metu vis dar yra didesnė už galimą riziką. Daugumai moterų šio vaisto nebereikės pasibaigus nėštumui, o tai tikriausiai yra gerai žindančioms motinoms, nes nežinoma, ar vaistas patenka į motinos pieną.