Zolpidemo vartojimas nėštumo metu paprastai laikomas saugiu, kai būtina gydyti nemigą, tačiau nėščios pacientės dažnai raginamos pirmiausia išbandyti kitas galimybes. Taip yra todėl, kad JAV maisto ir vaistų administracija (FDA) šį vaistą įtraukė į C nėštumo kategoriją. Taip yra todėl, kad zolpidemo nėštumo metu atlikti tyrimai su gyvūnais parodė tam tikrą neigiamą šalutinį poveikį, nors nėra tinkamai kontroliuojamų tyrimų su žmonėmis, kurie galėtų tiksliai pasakyti, ar jis yra saugus. Paprastai gydytojai yra linkę skirti šį vaistą nėščioms pacientėms tik tada, kai nemiga yra pakankamai sunki, kad turėtų neigiamą poveikį, o tada nauda gali būti didesnė už riziką.
Tyrimai su gyvūnais, atlikti naudojant šį vaistą, parodė tam tikrą neigiamą poveikį vaisiui, nors gyvūnams dažnai buvo skiriamos daug didesnės dozės, nei įprastai gautų nėščios moterys. Pavyzdžiui, kai kurių tiriamųjų, kuriems nėštumo metu buvo skiriamos didelės zolpidemo dozės, vaisius buvo nepilnas kaukolės kaulėjimas. Be to, padidinus zolpidemo dozę, persileidimų dažnis ir vaisiaus augimo sulėtėjimas padidėjo. Tačiau daugeliu atvejų įprastos zolpidemo dozės nėštumo metu neturėjo neigiamo poveikio vaisiui ar motinai.
Buvo atlikti keli nedideli tyrimai su moterimis, kurios nėštumo metu vartojo zolpidemą, ir nors jos nebūtinai buvo tinkamai kontroliuojamos, jų rezultatai rodo, kad šio vaisto vartojimas kelia tam tikrą pavojų. Pavyzdžiui, kai kurios moterys, vartojusios vaistą trečiąjį trimestrą, pranešė apie sunkų naujagimio kvėpavimo slopinimą, tačiau tai paprastai gali būti gydoma ligoninėje, todėl poveikis nėra ilgalaikis. Papildomas susirūpinimas dėl zolpidemo nėštumo metu yra galimybė, kad kūdikiai gims priklausomi nuo vaisto. Naujagimio priklausomybei nuo zolpidemo dažnai būdingi abstinencijos simptomai, įskaitant prakaitavimą, vėmimą ir raumenų skausmą. Galiausiai, kai kurie naujagimiai atrodo suglebę ir silpni, kai gimdoje buvo paveikti zolpidemo.
Motinos, kurios nori išvengti šio galimo poveikio, raginamos ieškoti alternatyvų zolpidemo vartojimui nėštumo metu ir turėtų vartoti šį vaistą tik tada, kai jų nemiga yra labai sunki ir niekas kitas nepadeda jai gydyti. Daugeliu atvejų nemiga turėtų išnykti po nėštumo; jei taip nėra, šis vaistas gali būti paskirtas be incidentų. Tačiau krūtimi maitinančios motinos, vartodamos šį vaistą, turėtų laikytis tų pačių atsargumo priemonių kaip ir nėščios moterys, nes jo patenka į motinos pieną, o poveikis žindomiems kūdikiams nežinomas.