Natūralus organizmo atliekų perdirbimo sistemos produktas – šlapimas yra sterilus, kai jį gamina sveikas organizmas. Vis dėlto jis praranda tą sterilumą, kai jį pašalina iš kūno. Pirmasis užteršimas gali atsirasti šlapinimosi metu, kai šlapimas pasiima bakterijas, gyvenančias epitelio ląstelėse, kurios dengia šlaplę. Išėjus iš kūno, šlapimo sterilumui taip pat gali pakenkti ore ir surinkimo talpykloje esančios bakterijos. Tiesą sakant, kadangi natūraliai susidarančios sterilios aplinkos praktiškai nėra, šlapimas pasišalinus iš kūno beveik iš karto praranda savo sterilumą.
Kai sakoma, kad šlapimas yra sterilus, turima omenyje, kad jame nėra bakterijų ar kitų gyvų organizmų ar jų sporų. Taip yra su šlapimu, kai jis susidaro pirmą kartą ir yra laikomas šlapimo pūslėje prieš pašalinant iš organizmo. Kartais nepastebima, kad sterili medžiaga, tokia kaip šlapimas, gali palaikyti ar skatinti gyvybę. Tiesą sakant, šlapime esantis karbamidas daro jį patrauklų žemės ūkio reikmėms, nors jį reikia atskiesti, kad būtų galima saugiai naudoti.
Pagrindinė šlapimo sudedamoji dalis yra vanduo, kuris sudaro apie 95% skysčio tūrio. Likusius 5% daugiausia sudaro karbamidas, organinė medžiaga, kurią gamina organizmas ir kuri padeda iš organizmo pašalinti azoto perteklių. Chloridas, natris, kalis ir kiti organiniai ir neorganiniai junginiai bei ištirpę jonai yra kitos medžiagos, randamos šlapime, paprastai nedideliais kiekiais.
Šlapimo sudėtis gali pasikeisti, jei jį gamina organizmas, sergantis liga ar sveikatos būkle. Pavyzdžiui, diabetikų šlapime gali būti daug gliukozės. Taip pat tam tikrų maisto produktų ar vaistų vartojimas gali turėti trumpalaikį poveikį šlapimo išvaizdai, ypač jo spalvai. Tačiau net ir šiais atvejais šlapimas yra sterilus. Pagrindinė sveikatos būklė, kai šlapimas gali būti nesterilus, yra šlapimo takų infekcija (UTI), kai mikroorganizmai gali užteršti šlapimą šlapimo pūslėje ir padaryti jį nesterilu.
Šlapimo sterilumo klausimas visada kelia klausimų apie jo tinkamumą gerti. Ypač kai šlapimas yra sterilus, jį visiškai saugu gerti, ypač ribotais kiekiais. Kadangi šlapimą daugiausia sudaro vanduo ir organizmo atliekos, jis turi mažai maistinės vertės, jei jos yra. Nors kritinėmis situacijomis šlapimo gėrimas yra priimtinas hidratacijos būdas, pakartotinis šlapimo, ypač savo paties, gėrimas yra susijęs su tų atliekų, kurias organizmas bando pašalinti, grąžinimas į organizmą. Tai galiausiai sukels per didelę įtampą inkstams, kurie yra atsakingi už atliekų perdirbimą organizme.
Didelis vandens kiekis šlapime gali būti perdirbamas ir regeneruojamas kaip geriamasis vanduo. Tarptautinės kosminės stoties atliekų apdorojimo sistemos yra sertifikuotos šiuo tikslu apdoroti žinduolių šlapimą. Tai vertingas išteklius tokioje aplinkoje kaip kosminė stotis, kurioje nėra atsinaujinančio gėlo vandens šaltinio. Melioracijos projektas apdoroja ne tik astronautų, bet ir laive esančių laboratorinių gyvūnų šlapimą.