Laktozės kiekis varškėje gali labai skirtis priklausomai nuo jo gamybos proceso. Nors šiame sūryje visada yra šiek tiek laktozės, kai jis gaminamas su fermentuoto pieno produktais, jame nėra daug ir dažniausiai jį gerai toleruoja žmonės, kuriems sunku virškinti laktozę. Fermentacijos procesas leidžia sūryje esančioms bakterijoms suskaidyti laktozę ir paversti ją pieno rūgštimi. Varškė, kuri rūgsta kitais procesais, gali turėti nemažą kiekį laktozės.
Kai varškė gaminama tradiciniu būdu, jame yra tik nedidelis laktozės kiekis. Tradiciniu būdu sūriui gaminti naudojamos pasukos, kurios yra fermentuotas pieno produktas. Norint pagaminti pasukas, į pieną įpilama bakterijų sukelto starterio, o tada pienas paliekamas kambario temperatūroje 15–24 valandas. Per tą laiką piene esančios bakterijos, tokios kaip acidophilus arba bifidus, minta laktoze ir išskiria pieno rūgštį kaip šalutinį produktą. Nors šios bakterijos nesunaudoja visos pasukose esančios laktozės, per tiek laiko jos gali suvalgyti didžiąją jos dalį.
Pienui spėjus surūgti, jį galima panaudoti varškės gamybai. Rūgštinis pienas šiek tiek virinamas, kol varškė sukietėja ir atsiskiria nuo išrūgų. Tuo metu išrūgos nupilamos ir varškei leidžiama atvėsti. Tokio laktozės kiekio varškėje paprastai nepakaks, kad sutrikdytų žmones, kurie netoleruoja laktozės.
Dideliame varškės sūrelyje gali būti žymiai daugiau laktozės nei mažame varškės sūrelyje. Taip yra todėl, kad sūris gaminamas greitai ir iš dalies rūgsta naudojant reniną. Pienas fermentuojamas mažiau nei valandą, todėl bakterijoms lieka labai mažai laiko paversti laktozę pieno rūgštimi. Laktozės kiekis tokiu būdu pagamintame varškėje dažniausiai yra panašus į kiekį, esantį šviežiame piene.
Galima įsigyti pieno produktų, taip pat ir varškės, apdorotų taip, kad juose visiškai nebūtų laktozės. Į šiuos produktus dedama laktazės, fermento, naudojamo laktozei virškinti, kad ji būtų suvirškinta prieš žmogui ją valgant. Atidžiai kontroliuodami šį procesą, produktų be laktozės gamintojai gali užtikrinti, kad varškės sūryje iš viso nebūtų laktozės.