Ryšys tarp omeprazolo ir viduriavimo apima du komponentus. Pagrindinė protonų siurblio inhibitoriaus sudedamoji dalis yra magnis, mineralas, naudojamas kaip vidurius laisvinanti priemonė ir žarnyno valymui prieš tam tikrus diagnostinius tyrimus ir operacijas. Omeprazolas ir viduriavimas taip pat yra susiję, nes vaistas blokuoja skrandžio rūgšties gamybą ir taip pat gali slopinti gynybos mechanizmus nuo Clostridium difficile bakterijų, trečios pagrindinės vyresnio amžiaus žmonių viduriavimo priežasties.
Padidėjusi infekcinio viduriavimo rizika yra šalutinis omeprazolo poveikis, kuris gali būti ūmus arba lėtinis. Žinomas ryšys tarp omeprazolo ir viduriavimo atsirado atlikus tyrimus, kuriuose buvo tiriamas šalutinis vaisto poveikis. Viename tyrime nustatyta, kad skrandžio rūgšties sumažėjimas sukuria palankią aplinką bakterijų augimui virškinamajame trakte. Prieštaringas tyrimas nerado ryšio tarp omeprazolo ir viduriavimo.
Vaistas skiriamas gastroezofaginio refliukso ligai (GERL) ir tam tikrų tipų opoms gydyti. Jis padeda išgydyti pepsines ir skrandžio opas, blokuodamas skrandžio rūgštingumą, paprastai palengvindamas per 12 savaičių. Kai kurie pacientai vartoja palaikomąsias vaistų dozes, kad išvengtų simptomų pasikartojimo.
GERL atsiranda, kai skrandžio rūgštis patenka į stemplę, dažniausiai pavalgius. Paprastai tai pablogėja, kai pacientai guli lovoje. Tam tikros medžiagos, tokios kaip šokoladas, kava ir alkoholis, kartu su cigarečių rūkymu gali sustiprinti GERL. Kai kurie pacientai skausmą malšina pakeldami lovos galvūgalį, kad išvengtų skrandžio rūgšties regurgitacijos. Omeprazolas buvo patvirtintas naudoti sergant GERL 1988 m.
Skrandžio opos gali sukelti skausmą po valgio. Skausmas gali prasidėti skrandyje ir plisti į nugarą ar krūtinę, imituodamas širdies priepuolio požymius. Ir atvirkščiai, dvylikapirštės žarnos opos skausmas gali sumažėti valgant tam tikrą maistą, bet retai pasireiškia tuščiu skrandžiu. Diskomfortas paprastai prasideda po dviejų ar trijų valandų po valgio, dažnai stiprėja naktį.
Kitas šalutinis omeprazolo poveikis yra vitamino B12 ir kalcio absorbcijos sumažėjimas. Tai gali padidinti kaulų lūžių riziką moterims po menopauzės. Vartojant vaistus galima stebėti vitaminų ir mineralų kiekį, pridedant papildų, kad būtų pašalintas trūkumas.
Vienas tyrimas parodė, kad pacientams, sergantiems hiatal išvarža arba Bareto stemple, padidėja skrandžio ar stemplės vėžio rizika. Tačiau rizika nebuvo taikoma pacientams, vartojantiems vaistą nuo virškinimo sutrikimų, gastrito ar pepsinių opų. Tyrėjai pažymėjo, kad septynerius metus trukęs tyrimas galėjo būti per trumpas, kad būtų pateikti patikimi rezultatai, nes vėžiui išsivystyti dažnai prireikia metų.