Bakterinės vaginozės gydymas paprastai yra antibiotikų forma. Kartais bakterinė vaginozė praeina savaime be jokio gydymo. Žmonėms, kuriems reikia išgydyti bakterinę vaginozę, paprastai skiriamas metronidazolas arba klindamicinas, kurie yra dviejų tipų antibiotikai. Abu šie antibiotikai yra tablečių arba kremų pavidalu, kurie įdedami į makštį. Dauguma bakterinės vaginozės infekcijų paprastai išnyksta per dvi ar tris dienas nuo gydymo antibiotikais pradžios, tačiau gydytojai paprastai pataria moterims vartoti antibiotikus bent vieną savaitę, net jei jų simptomai išnyksta.
Daugelis moterų, sergančių bakterine vaginoze, nejaučia jokių simptomų, todėl jos gali nesuvokti, kad turi infekciją. Faktas, kad bakterinė vaginozė kartais praeina savaime, reiškia, kad kai kurios moterys gali nežinoti, kad jos kada nors sirgo, ypač jei nėra simptomų. Moteris neturėtų atidėti bakterinės vaginozės gydymo, nes mano, kad jos infekcija išnyks be gydymo. Nors bakterinė vaginozė kartais praeina be gydymo, ji gali pablogėti, kol nepagerės. Paprastai manoma, kad geriausia kreiptis į gydytoją arba ginekologą, kai tik atsiranda bakterinės vaginozės simptomų, kad problema nepablogėtų.
Prieš skirdamas vaistus nuo bakterinės vaginozės, gydytojas paprastai įvertina moters simptomus, ne tik atlieka dubens tyrimą. Bakterinės vaginozės simptomai dažnai yra panašūs į mielių infekcijos simptomus, todėl daugelis moterų gali manyti, kad jos turi mielių infekciją. Dažnai tik tada, kai moteris bando gydyti savo bakterinę vaginozę nereceptiniu kremu nuo mielių infekcijos, ji supranta, kad turi kitą problemą, nes vaistas nuo mielių infekcijos yra neveiksmingas nuo bakterinės vaginozės. Gydytojai paprastai gali atlikti dubens tyrimą ir paimti išskyrų iš makšties mėginį, kad patikrintų, ar nėra bakterinės vaginozės požymių. Gydytojo paimtas mėginys parodys išskyrose esančias bakterijas, jei moteris serga bakterine vaginoze, o ne mielių infekcija.
Antibiotikai nuo bakterinės vaginozės dažnai būna veiksmingi iš karto. Simptomai paprastai pradeda išnykti po pirmos ar dviejų antibiotikų vartojimo dienų. Antibiotikai paprastai skiriami kremų arba gelių pavidalu, kurie įdedami į makštį. Nėščioms moterims, sergančioms bakterine vaginoze, paprastai skiriami antibiotikai tablečių pavidalu, nes vaisto įvedimas į makštį nėštumo metu gali būti nesaugus vaisiui. Jei antibiotikų nevartojate visą jų paskirtą laiką, yra tikimybė, kad infekcija pasikartos.