Perlai būna įvairių spalvų ir atspalvių – nuo baltos, kreminės ir rožinės iki juodos su mėlynais, žaliais ar violetiniais atspalviais. Daugelis veiksnių yra atsakingi už perlo spalvą, tačiau dažniausiai tai priklauso nuo atsitiktinumo. Juodoji austrė paprastai nesukuria balto perlo, o labai retai kitos austrės išskiria juodą perlą. Tačiau, išskyrus tai, nėra aišku, kokios spalvos perlų galite tikėtis iš tam tikrų austrių ar tam tikrų vietovių.
Medžiagą, kuri sudaro perlą, vadinamą perlamutru, austrė išskiria kaip atsaką į dirgiklį kriauklės viduje. Natūralūs perlai yra labai reti ir brangūs, juos sudaro koncentriniai perlamutro sluoksniai aplink galbūt mikroskopinį pradinį dirgiklį, pavyzdžiui, smėlio gabalėlį. Kultivuoti perlai gaminami įdedant apvalkalo branduolį, kuris paprastai yra idealiai apvalus, ir aplink jį susidaro keli perlamutro sluoksniai.
Veiksniai, lemiantys perlo spalvą, yra austrės rūšis, perlamutro sluoksnių storis ir skaičius bei galbūt austrių vandens aplinkoje esantys mikroelementai. Perlų gamintojas taip pat gali tam tikru laipsniu paveikti perlo spalvą, kartu su lukšto branduoliu į austrę šeimininką įnešdamas kitos austrės audinio. Perlo spalvą lemia daugybė veiksnių: pagrindinė spalva, obertonas ir vaivorykštė. Kultūriniai perlai taip pat kartais dažomi.
Kuo storesnis perlamutras, tuo sodresnė bus perlo spalva ir bus daugiau vaivorykštės. Plonas perlamutrinis perlas paprastai atrodo pieniškas perlas su mažais atspalviais. Perlo vaivorykštė atsiranda dėl persidengiančių permatomo perlamutro sluoksnių.
Perlo spalva gali turėti arba neturėti įtakos jo kainai, nors spalvos vienodumas daro perlus vertingesnius. Juodieji perlai anksčiau buvo gana reti ir labai vertingi, tačiau dabar jie auginami ir todėl prieinami daug plačiau. Natūralūs baltieji perlai yra retesni ir vertingesni nei kultivuoti juodieji perlai. Geriausia spalva daugiausia priklauso nuo asmeninio pasirinkimo arba bet kokios odos tonui labiausiai patinkančios spalvos, nors egzistuoja regioninės nuostatos ir gali turėti įtakos kainai.