Bakterijų identifikavimas yra procesas, naudojamas konkrečių bakterijų tapatybei nustatyti. Tai svarbi medicininio gydymo dalis, nes daugelis gydymo būdų labai priklauso nuo konkretaus organizmo, sukeliančio medicininę problemą, tapatybės, be to, tai yra svarbi mokslinių tyrimų dalis. Bakterijų atpažinimui naudojama daugybė metodų, o žmonės vis daugiau sužino apie bakterijas ir kuriama nauja medicinos įranga, nuolat kuriami nauji metodai.
Pirmasis bakterijų identifikavimo etapas apima izoliato, darbinio atitinkamos bakterijos mėginio, sukūrimą. Izoliatai prasideda nedideliu įtariamų bakterijų tamponu, paimtu iš paciento ar objekto. Izoliatas sukuriamas surandant augimo terpę, kuri palaikys bakterijas, ir sėkmingai kultivuojant pakankamai bakterijų tyrimams. Tai gali būti tikras iššūkis, nes bakterijos yra labai išrankios ir neauga bet kokioje terpėje. Taip pat svarbu neužteršti auginimo terpės ar mėginio, nes tai gali sukelti painų rezultatų.
Kai bakterijos buvo auginamos, gali būti naudojamos įvairios priemonės, leidžiančios nustatyti jos tapatybę. Vienas iš paprasčiausių yra Gramo dėmės, kurios, naudojant cheminį dėmę, padalija bakterijas į gramteigiamas ir gramneigiamas. Kitos dėmės gali būti naudojamos kontrastui padidinti, todėl bakterijas lengviau matyti pro mikroskopą. Vizualinis identifikavimas mikroskopu paprastai gali būti atliktas naudojant pažįstamas bakterijų rūšis, ypač turinčias savitą formą.
Bakterijų identifikavimo arsenale yra ir daugiau įrankių. Tyrėjas gali naudoti serologinius metodus, kurių metu nežinomų bakterijų mėginys veikiamas įvairiais antikūnais, kad pamatytų, ar yra reakcija, arba genų sekos nustatymą, kai atskleidžiamas genetinis bakterijos kodas. Genų sekos nustatymas taip pat gali būti naudojamas atskirti dvi glaudžiai susijusias bakterijų padermes, suteikiant informacijos apie tai, kodėl viena padermė reaguoja į tam tikrą vaistų kursą, o kita ne. Taip pat gali būti tiriamas atsakas į įvairias chemines medžiagas ir dirgiklius, tokius kaip ultravioletinė spinduliuotė.
Bakterijų identifikavimas klasikiniu būdu atliekamas laboratorijoje, nes laboratorijose yra medicininės įrangos, cheminių medžiagų ir įrankių, kurie gali būti naudojami nustatant bakterijos tapatybę. Kai kurios laboratorijos specializuojasi auginant ir identifikuojant mėginius iš ligoninių ir medicinos klinikų, o kitose daugiausia dėmesio skiriama tyrimams, identifikuojant naujų ir nežinomų bakterijų mėginius, kad juos būtų galima klasifikuoti. Laboratorijos aplinka yra griežtai kontroliuojama, kad būtų išvengta užteršimo ir netyčinio laboratorijos darbuotojų užsikrėtimo, ypač virulentiški organizmai tiriami didelio saugumo laboratorijose, kurios apima kelis mokslininkų apsaugos sluoksnius.