Aviacijos medicinos ekspertas atlieka potencialių ar esamų skrydžių vadovų ir pilotų fizinę apžiūrą, kad padėtų nustatyti, ar jie yra tinkami atlikti iš jų reikalaujamas pareigas. Fizinis tyrimas apima išsamios ligos istorijos gavimą ir nustatymą, ar pacientas turi kokių nors sveikatos problemų, kurios gali trukdyti jo ar jos darbui arba kelti pavojų kitiems. Tada aviacijos medicinos ekspertas pateikia šią informaciją kartu su rekomendacija sveikatos pažymėjimų komisijai. Asmuo gali atlikti šias pareigas kaip savo įprastos praktikos dalį arba dirbti aviakompanijoje, oro uoste ar pilotų mokymo programoje kartu su savo įprastine klinikine praktika.
Pirmoji medicinos eksperto darbo dalis yra gauti visą paciento ligos istoriją. Tai apima anamnezės pareikalavimą iš paciento pirminės sveikatos priežiūros gydytojo ir paciento apklausą tyrimo metu. Būtiną informaciją paprastai sudaro šeimos genetinės sveikatos, širdies problemų ir kitų medicininių problemų, kurios galėjo būti perduotos pacientui, istorija. Aviacijos medicinos ekspertas taip pat turės gauti informaciją iš paciento apie jo buvusias sveikatos problemas, dabartinę jo sveikatos būklę ir informaciją apie šiuo metu vartojamus vaistus.
Fizinė paciento apžiūra taip pat yra aviacijos medicinos eksperto darbo dalis. Šios darbo dalies metu gydytojas patikrins paciento judesių diapazoną, klausys jo širdies ir tikrins refleksus. Taip pat atliekamas detalus regėjimo tyrimas, kurio metu patikrinamas paciento regėjimas ir periferinis regėjimas.
Surinkęs visą reikiamą informaciją, aviacijos medicinos ekspertas sutvarko informaciją pagal išduodančios agentūros gaires ir paciento vardu pateikia ją agentūrai. Remdamasis aviacijos medicinos eksperto mokymu, gydytojas paprastai įtrauks informaciją apie tai, ar pacientas atitinka visus jo prašomos sveikatos pažymėjimo klasės reikalavimus. Daugeliu atvejų egzaminuotojas taip pat pateikia pacientui savo ataskaitos kopiją.
Daugumoje šalių aviacijos medicinos ekspertas privalo turėti klinikinės medicinos praktikos, kai atlieka apžiūras pilotams ir skrydžių vadovams. Dauguma aviacijos medicinos ekspertų turi nuolatinę praktiką arba dirba pagal praktiką ir teikia paslaugas vietos žmonėms, norintiems gauti sveikatos pažymą. Kai kuriais atvejais aviacijos medicinos ekspertas sudarys sutartį su oro linijų bendrove arba pilotų mokymo mokykla ir atliks medicinines apžiūras specialiai tiems, kurie dirba aviakompanijoje ar mokykloje, arba potencialiems pilotams.