Išmaniųjų telefonų antivirusinė programinė įranga gali pasiūlyti papildomo lygio apsaugą nuo kenkėjiškų programų, skirtų atakuoti mobiliąsias operacines sistemas (OS). Šios operacinės sistemos kažkada buvo laikomos gana saugiomis nuo kenkėjiškų atakų, tačiau jos gali būti tokios pat pažeidžiamos kaip ir kiti kompiuteriniai įrenginiai. Dauguma išmaniųjų telefonų antivirusinės programinės įrangos paketų apsaugo nuo virusų, Trojos arklių ir kitų tipų kenkėjiškų programų, tačiau kai kurie taip pat siūlo papildomą apsaugą nuo vagysčių, pavyzdžiui, abonento tapatybės modulio (SIM) kortelės užrakinimą. Išmanieji telefonai yra pažeidžiami įvairių tipų kenkėjiškų programų dėl šių įrenginių siūlomo visur esančio el. pašto ir interneto prieigos, tačiau jie taip pat gali būti užkrėsti įdiegus kenkėjiškas programas, kurios yra užmaskuotos kaip naudinga programinė įranga.
Antivirusinė programinė įranga išmaniesiems telefonams buvo prieinama tol, kol egzistavo įrenginiai, tačiau pirmieji dideli virusų protrūkiai įvyko tik 2010 m. Tuo metu kenkėjiškos programinės įrangos taikinys buvo kelios populiarios mobiliosios operacinės sistemos. Šiuose įrenginiuose dažnai yra vertingų duomenų, pvz., slaptažodžių, kredito kortelių informacijos ir el. laiškų, į kuriuos nukreipia kompiuteriniai nusikaltėliai. Išmaniųjų telefonų antivirusinė programinė įranga negali apsaugoti nuo kiekvienos atakos, tačiau ji gali sukurti labai reikalingą apsaugos sluoksnį įrenginiams, kurie dažniausiai naudojami prisijungti prie interneto arba atsisiųsti programoms.
Kai kuriuose išmaniuosiuose telefonuose yra įmontuota apsauga nuo išorės atakų, kuri tiksliai kontroliuoja, kurios programos gali pasiekti įvairias funkcijas. Šių priemonių dažnai pakanka apsisaugoti nuo kenkėjiškos veiklos, tačiau įrenginiai, kurie pakeisti iš gamyklinių nustatymų dėl įsilaužimo, įsišaknijimo arba įdiegus tinkintą programinę-aparatinę įrangą, gali prarasti šią apsaugą. Gali būti ypač svarbu įdiegti išmaniųjų telefonų antivirusinę programinę įrangą įrenginiuose, kurie buvo gerokai pakeisti, tačiau net ir telefonai, kurie išlaikė visus gamyklinius nustatymus, buvo pažeidžiami tam tikrų atakų.
Antivirusinės programinės įrangos paketai paprastai imasi aktyvesnės pozicijos prieš nepageidaujamą įsibrovimą nei priemonės, kurias kai kurie telefonai įgyvendina pagal numatytuosius nustatymus. Šios išmaniųjų telefonų antivirusinės programos gali nuskaityti atsisiųstas programas ir el. pašto priedus, ar nėra kenksmingo turinio, nustatyti pavojingas svetaines ir stebėti, ar sistemoje nėra įtartinos veiklos. Reguliarūs įvairių naujų kenkėjiškų programų tipų, įskaitant potencialiai pavojingas infekcijas, pvz., šaknų rinkinius ir duomenų kasybos programas, atnaujinimai paprastai įtraukiami siekiant užtikrinti nuolatinę apsaugą.
Be pagrindinės apsaugos nuo kenkėjiškų programų, kai kuriuose išmaniųjų telefonų antivirusinės programinės įrangos paketuose taip pat yra fizinio saugumo užtikrinimo funkcijų. SIM kortelės užraktas gali neleisti vagiui pasinaudoti pavogtu telefonu, o naudojant nuotolinio ištrynimo funkciją galima sunaikinti vertingus duomenis ir neleisti prie jų patekti pašaliniams asmenims. Kai kuriuose programinės įrangos paketuose taip pat yra atsarginė SIM kortelė, kurią galima naudoti norint reguliariai perkelti svarbius duomenis, kad jie nebūtų prarasti kartu su telefonu.