Daugumoje pasaulio karinių pajėgų karinio jūrų laivyno kapitonas yra aukšto lygio karininkas, atsakingas už vadovavimą žemesnio rango karininkams ir įdarbintam personalui jūroje vykdomose misijose ir jų organizavimą. Jis arba ji dažnai yra laivo ar povandeninio laivo vadas, bet ne visada. Karinio jūrų laivyno pareigūnai gali turėti daugybę skirtingų darbų. Be darbo laivuose, kapitonai gali būti dislokuoti bazėse, kad galėtų organizuoti mokymus, dėstyti tarnybos akademijose arba atlikti teisines ar medicinines užduotis. Jų darbo pareigas apibrėžia tiek kapitono laipsnis, tiek profesinė kompetencija.
Karinis jūrų laivynas pagal apibrėžimą yra šalies jūrų gynybos ginklas. Dauguma karinių jūrų pajėgų yra suskirstyti į dvi lygiagrečias dalis: įdarbintus personalus ir karininkus. Abi yra hierarchinės sistemos, kurių nariai prisiima vis daugiau atsakomybės ir pareigų su kiekvienu aukštesniu rangu. Beveik visais atvejais kapitonai yra vyresnieji karininkai. Didžiąją laiko dalį kapitonas tarnavo mažiausiai 15 metų ir per tą laiką įgijo didelę patirtį tam tikru jūrų mūšio aspektu.
Tradiciškai kapitono titulas suteikiamas kiekvienam, vadovaujančiam laivui ar jūrų laivui. Dėl to karinio jūrų laivyno kapitono darbo apibrėžimas gali būti šiek tiek painus, nes daugelis karinio jūrų laivyno laivų kapitonų nėra įgiję karininko kapitono laipsnio arba iš tikrųjų jį viršijo. Mūšyje ir didesniuose karo laivuose vadovybė beveik visada suteikiama tiems, kurie turi kapitono ar aukštesnį laipsnį. Mažesniuose laivuose, geros valios misijose ir žvalgomuosiuose kruizuose kartais dirba žemesnio rango pareigūnai arba pakaitomis dirba kapitonai ir kiti ekspertai.
Daugeliu atvejų bet kuriame laive yra daugiau kapitonų, nei reikia iš tikrųjų vadovauti laivui. Kapitonai lydi karinio jūrų laivyno dalinius ir vadovauja jų veiklai būdami laive. Tai dažnai apima daug strategijų, mūšio planavimo ir analizės.
Karinio jūrų laivyno kapitonas dažniausiai paskiriamas tam tikram jūrų tarnybos padaliniui. Jo konkrečios darbo pareigos atitiks tą specialybę. Kai kurie yra apmokyti aviacijos srityje, o kiti daugiausia dėmesio skiria strategijai; dar kiti specializuojasi inžinerijos, technologijų ar šnipinėjimo srityse. Kiekvienas sektorius turi savo pareigūnus. Kapitono lygmenyje karininkai atlieka aukšto rango direktorių pareigas, rengia planus ir duoda įsakymus. Priklausomai nuo padalinio dydžio, karinio jūrų laivyno kapitonas gali būti aukščiausias karininkas, todėl jis yra de facto vadovas, kurio įsipareigojimų nevykdo kiekvienas narys.
Ne kiekvienas karinio jūrų laivyno kapitonas tiesiogiai dalyvauja kovinėse operacijose. Didžiąją laiko dalį kariniai jūrų laivynai moko pareigūnus teisės, medicinos ir kitų civilių specialybių, kad kariškiai ir jų šeimos galėtų lengvai naudotis reikalingomis paslaugomis, nesvarbu, kur jie būtų komandiruoti. Pakankamai laiko tarnyboje praleidęs karinio jūrų laivyno gydytojas gali gauti, pavyzdžiui, kapitono laipsnį. Dėl to jis bus vyresnis, o tai dažnai suteikia didesnį pasirinkimą, kai kalbama apie paskelbimo vietas, darbo valandas ir kitus gyvenimo kokybės aspektus. Karinio jūrų laivyno profesionalai turi gerbti laipsnį, tačiau retai kada būna komandiruotės situacijose taip, kaip būtų kovoje.