Sistemų buhalteris organizacijoje atlieka du pagrindinius vaidmenis. Pirmiausia ji turi peržiūrėti ir įvertinti visas įmonės finansines sistemas, praktiką ir politiką. Tai lemia jų, kaip nepriklausomų subjektų ir kaip viso sistemų tinklo dalies, vertę ir efektyvumą. Po šios analizės ji privalo pašalinti prastai veikiančias sistemas ir praktiką bei sukurti patobulintas pakaitines sistemas.
Sistemų buhalterio sėkmė labai priklauso nuo jos bendros kompetencijos suprasti ir taikyti informacinių technologijų, apskaitos ir finansų valdymo sąvokas. Šis pagrindas leidžia jai efektyviai analizuoti sistemos veikimą. Po įvertinimo ji paprastai parengia ataskaitas apie savo išvadas ir išplatina jas atitinkamiems darbuotojams.
Nuspręsti, kurias sistemas pakeisti, gali būti nelengva užduotis. Sistemų buhalteris dažnai pasitaria su vadovais ir pagrindiniais darbuotojais apie jų konkrečių sistemų privalumus ir trūkumus, prieš nuspręsdamas, kaip elgtis toliau. Atsižvelgdama į įmonės dydį ir įtaką, ji taip pat gali aptarti siūlomus pakeitimus su išorės agentūromis ar pardavėjais, kad nustatytų jos sprendimų poveikį jų tikslams ir lūkesčiams. Jos tikslas – užtikrinti, kad būtų įdiegtos veiksmingiausios, tiksliausios ir ekonomiškiausios sistemos.
Sistemų buhalteris turi atidžiai įvertinti daugelį finansinių sistemų aspektų. Jų ilgalaikis ir trumpalaikis efektyvumas yra pagrindinis veiksnys, kaip ir tai, kaip sistemos pokyčiai paveiks visus įmonės padalinius. Jei vienas skyrius nukentės dėl veiklos gerinimo kitame, ji turi atidžiai pasverti, kas ilgainiui yra geriausia abiem. Buhalteris turi atidžiai išnagrinėti viską nuo pagrindinių dokumentų valdymo ypatybių iki reikalingo galutinio vartotojo mokymo. Kiti veiksniai, į kuriuos ji turi atsižvelgti, yra užduočių, kurias gali atlikti sistema, diapazonas, jos gedimų ir prastovų rekordas ir tai, ar jos funkcijos veiks pakankamai ilgai, kad pateisintų investiciją.
Priėmus sprendimą dėl pakeitimų ir įdiegus naujas sistemas, sistemų buhalteris nuolat stebi jų veiklą ir gauna grįžtamąjį ryšį iš paveiktų skyrių. Kartu su šiais vadovais, prižiūrėtojais ir pagrindiniais žaidėjais ji nusprendžia, kurios sistemos yra sėkmingos, o kurias reikia toliau peržiūrėti, tobulinti ar pakeisti.
Sistemų buhalterio darbas paprastai susideda iš daugybės vykdomų projektų, nes padaliniai vystosi ir jų sistemas reikia koreguoti. Ji tuo pat metu atlieka reguliarius veiklos vertinimus, kad įsitikintų, jog visos finansų ir apskaitos funkcijos išlieka tikslios ir veiksmingos. Atsiradus technologijoms, ji tikimasi, kad atitinkami darbuotojai patobulins jų ekspertų atsiliepimus ir indėlį.
Kadangi sistemų buhalterio pareigos yra labai įvairios, dažnai reikalingas magistro laipsnis. Kai kuriais atvejais gali būti priimtinas apskaitos ar finansų bakalauro laipsnis kartu su įrodyta sėkme sistemų analizės ar informatikos srityse.