Vaistinės buhalteris yra atsakingas už šios konkrečios veiklos rūšies finansinių įsipareigojimų registravimą, priežiūrą ir suderinimą. Vidutinės vaistinės buhalterio pareigos apima sumų, kurias vaistinių savininkai skolingi kitiems pardavėjams, stebėjimą. Šis darbas taip pat reikalauja, kad buhalteriai įrašytų visus neapmokėtus likučius kiekvieno kliento sąskaitoje. Šie buhalteriai taip pat nuolat informuoja savo klientus apie esamus verslo mokesčių įsipareigojimus, kurie turi būti sumokėti kiekvienais metais. Kiti buhalterio reikalavimai gali apimti inventorizacijos apskaitą ir įmonės technikų bei vaistininkų darbo užmokesčio čekių ruošimą.
Tipiškas vaistinės buhalteris gerai išmano vietinius ir nacionalinius mokesčių įstatymus, taikomus šiai konkrečiai pramonės šakai. Vaistinėms kartais tenka didesnė mokesčių prievolė nei kitoms verslo rūšims, o patyręs buhalteris dažniausiai gali padėti savininkams laiku atlikti mokėjimus ir išvengti baudų. Kai kurios pareigos taip pat apima vaistinės savininko plano sudarymą, kaip padidinti metinį pelną ir sumažinti nereikalingas veiklos išlaidas.
Be mokesčių pateikimo procedūrų, pareigybės aprašyme yra įprastos buhalterinės apskaitos pareigos, kad būtų galima sekti verslo pajamas ir išlaidas. Šie buhalteriai paprastai veda mėnesinių debetų ir kreditų bei būsimų mokėjimo datų knygas. Kadangi vaistinės dažnai išduoda sveikatos draudimo polisais apmokėtus vaistus, vaistinės buhalteris dažniausiai turi įrašyti tokią informaciją. Šiose finansinėse ataskaitose paprastai nurodomos sumos, kurias sumokės klientų draudimo planai, palyginti su likusiomis sumomis, kurios turi būti sumokėtos vaistinei.
Vaistinės buhalteriai gali turėti kitų darbo pareigų, dėl kurių jie turi suderinti esamas vaistų atsargas su tiekėjams sumokėtų sumų įrašais. Didesnėse vaistinės gali samdyti atskirą inventorizacijos specialistą, kuris atliktų fizines inventorizacijas ir pateiktų šią informaciją buhalteriui. Buhalteris paprastai registruoja kiekvienos vaistinės prekės numerius ir užtikrina, kad kiekvienos prekės kainos būtų teisingai suskirstytos. Buhalteriai taip pat turi žinoti, kur rasti dažniausiai pasitaikančias įrašų klaidas ir kaip jas ištaisyti. Mažesnes atsargas turinčios vaistinės gali palikti fizines atsargas ir finansinį derinimą buhalteriui.
Darbo užmokestis yra dar viena įprasta vaistinės buhalterio pareiga. Daugelis vaistinių reikalauja, kad buhalteris sektų darbuotojų darbo valandas, individualius darbo užmokesčio tarifus ir dažniausiai išskaičiuotus darbo užmokesčio mokesčius. Tokia darbo pareiga dažnai apima darbo užmokesčio čekių paruošimą, išrašymą ir registravimą vaistinėje nurodytose darbo užmokesčio dienose. Buhalteris taip pat gali pasirūpinti elektroniniu tiesioginiu indėliu į vaistinės darbuotojų banko sąskaitas.