Nors sausumos augalai gyvuoja jau 470 milijonų metų ar ilgiau, ankstyviausi žydinčių augalų įrodymai – iškastinis Archaefructus liaoningensis – datuojami vos prieš 125 milijonus metų, ankstyvuoju kreidos periodu. Tai reiškia, kad gėlės egzistavo tik maždaug ketvirtadalį sausumos augalų laiko. Fosiliniai žiedadulkių įrodymai, laikomi tvirtu žydinčių augalų požymiu, yra šiek tiek senesni, datuojami maždaug prieš 130 mln.
Žydinčių augalų evoliucija truko ilgai, tačiau šiandien jie yra sėkmingiausia sausumos augalų grupė, aptinkama visuose žemynuose, išskyrus Antarktidą, ir atokiose salose. Jų staigi išvaizda ir sėkmė buvo tokia ekstremali, kad Charlesas Darwinas pavadino tai „pasibjaurėtina paslaptimi“. Tačiau nuo Darvino laikų buvo rasta daugiau fosilijų, kurios atskleidžia keletą tarpinių žingsnių prieš pilnavertes gėles.
Augalų evoliucija paprastai yra tokia, kai grupės, kurios naudojasi pagrindinėmis evoliucinėmis naujovėmis, tokiomis kaip kraujagyslių audinys, žievė, sėklos ar gėlės, turi tendenciją beveik visiškai pakeisti primityvesnius augalus, kai jie iš tikrųjų pradeda veikti. Be to, šios evoliucinės naujovės dažniausiai atsiranda sudėtingiausiose tuo metu gamyklose. Atitinkamai, žydintys augalai išsivystė iš sudėtingiausių sėklinių augalų, kurie patys pakeitė daugumą besėklių augalų prieš maždaug 370 milijonų metų, vėlyvojo devono laikotarpiu.
Gėlės yra labai sėkminga evoliucinė naujovė, nes jos leidžia sudėtingiau sąveikauti su kitais organizmais. Tai atveria įvairias simbiotines partnerystes, ypač su apdulkinančiais vabzdžiais, tokiais kaip bitės. Bičių skatinamas nuolatinis žiedadulkių keitimasis tarp augalų padeda šiems augalams išlikti genetiškai įvairiems ir atspariems ligoms ar kitiems sunkumams.
Žydintys augalai išsiskirstė į dvi pagrindines grupes – vienaląsčius ir dviskilčius, praėjus vos 5–10 milijonų metų nuo jų atsiradimo. Kreidos periodo pabaigoje, prieš 65.5 milijono metų, išsivystė pusė pagrindinių šiandieninių žydinčių grupių ir jos sudarė 70 % pasaulio augalų rūšių. Augalų sėkmė maždaug tuo metu paskatino mokslininkus spėlioti, kad dinozaurai galėjo išnykti valgydami gėles. Tai buvo prieš mokslininkams sutikus, kad dinozaurai greičiausiai išnyko po asteroido smūgio.