Egzistuoja daugybė vaisinių muselių kontrolės virtuvėje metodų, įskaitant būdus, kaip apsisaugoti nuo invazijų ir greitai juos sustabdyti. Prieš pradedant naikinimo kampaniją svarbu tiksliai identifikuoti muses, nes vaisinėms muselėms veiksmingi metodai gali neveikti su kitomis rūšimis. Vaisinės muselės yra mažos ir jas traukia vaisiai ir saldūs dalykai, palikti ant prekystalio. Jie taip pat dažniau pasitaiko rudenį.
Siekiant užkirsti kelią vaisinių muselių užkrėtimui, svarbu pašalinti maisto ir vandens šaltinius. Turėtų būti pašalintas nuotėkis ir kitos galimos drėgmės galimybės. Tai taip pat sumažins skruzdėlių ir kitų nepageidaujamų lankytojų skaičių. Jei šviežių vaisių reikia palikti ir jų negalima sandariai uždaryti į konteinerius, juos reikia laikyti sijotoje talpykloje, kad nepatektų musės. Taip pat rekomenduojama tikrinti visus atidarytus langus, kad vaisinės muselės ir kiti vabzdžiai nepatektų į namus. Taip pat padės kruopščiai išlaikyti virtuvę švarią ir kruopščiai išskalauti visą perdirbimą, ypač sodos skardines ir butelius. Taip pašalinamos galimos atrakcijos, todėl virtuvė tampa mažiau įdomi vaisinėms muselėms.
Žmonėms, kurie susiduria su vaisinių muselių problema virtuvėje, musių popierius gali padėti sugauti muses ir jas pašalinti. Spąstai taip pat naudingi; labai paprastas spąstus galima padaryti įpylus kelias uncijas acto arba į stiklainį įdėjus nedidelį vaisiaus gabalėlį ir ant jo uždėjus popierinį piltuvėlį maža anga žemyn. Musės gali patekti į piltuvą, tačiau joms sunku pabėgti. Kai gaudyklė pilna, vaisines muses galima išnešti į lauką.
Insekticidas taip pat yra galimybė, tačiau jį reikia naudoti atsargiai. Cheminiai purškalai gali būti pavojingi vaikams ir naminiams gyvūnėliams. Saugumo sumetimais musių gaudykles su masalais reikia laikyti atokiai nuo maisto, mažiems vaikams ir gyvūnams nepasiekiamoje vietoje, be to, jas reikia nedelsiant ištuštinti, kad nesusikauptų negyvų musių.
Nuotekų vamzdžiai kartais naudojami kaip vaisinių muselių šaltinis arba pritraukiklis virtuvėje. Kai kurios vabzdžiai veisiasi kanalizacijoje, tačiau dažniausiai drenuose įstrigusios organinės medžiagos privilioja muses, o žmonės mano, kad musės sklinda iš kanalizacijos, nes mato jas sklandančias aplink angas. Į kanalizaciją galima įpilti fermentinio valiklio, kad ištirptų iškepęs maistas ir būtų galima jį nuplauti. Taip pat gali būti efektyvu išpilti kepimo sodą ir actą į kanalizaciją ir nuplauti verdančiu vandeniu.