Tinkamiausios akvakultūros sistemos pasirinkimas priklauso nuo to, ką tikitės gauti iš savo sistemos. Tvenkinių ir narvų sistemos tinka smulkiems ir dideliems ūkiams, norintiems papildyti savo pajamas. Didelio masto gamybai, kuri nori auginti žuvis ištisus metus, būtų naudinga recirkuliacinė akvakultūros sistema.
Akvakultūros sistema yra žuvų auginimo būdas. Akvakultūra gyvuoja tūkstančius metų ir naudojama visame pasaulyje. Didžiąją savo istorijos dalį akvakultūra apsiribojo tvenkinių sistema, kuri leidžia žuvims augti mažuose žmogaus sukurtuose arba natūraliai susidarančius tvenkinius. Šią sistemą galima naudoti nedideliu mastu, į kurią nuolat pridedamos žuvys, o subrendusios žuvys pašalinamos. Nors tokio tipo sistemoje nėra didelio derliaus, ištisus metus galima surinkti nedidelį žuvų skaičių, ir tai yra puiki sistema šeimai, norinčiai papildyti savo mitybą.
Didelio masto tvenkinių akvakultūros sistema yra galimybė ūkininkams, norintiems pridėti žuvų į jau įsteigtą ūkį. Galima naudoti nedidelius, natūralius tvenkinius arba sukurti tvenkinius. Tai gana nebrangi sistemos paleidimas, nors tam reikia daug žemės.
Tvenkinių sistemose kasdien reikia stebėti vandens temperatūrą ir ištirpusio deguonies lygį. Deguonies papildymui į tvenkinį galima naudoti aeravimo sistemą. Potenzo vandenilio (pH) ir amoniako lygis taip pat turi būti tikrinamas kas savaitę, o tvenkinius reikia nusausinti kas metus ar dvejus, kad būtų pašalintos organinės šiukšlės.
Ūkininkavimas narvuose yra geras pasirinkimas ūkininkui, ieškančiam papildomų sezoninių pajamų, o priežiūra yra nesudėtinga, jei yra lengvas priėjimas prie esamo vandens telkinio. Narvelinės akvakultūros sistemoje narvai plukdomi ežeruose ir įžuvinami pirštinėmis žuvimis. Narvo dugnas turi būti bent 2 pėdų (0.6 m) virš ežero dugno, nors gilesnis vanduo užtikrina geresnę cirkuliaciją.
Nors ežero vanduo cirkuliuoja narveliuose, deguonies lygis vis tiek turi būti tikrinamas kasdien, o narvuose laikomoms žuvims naudingas aeratorius. Dumbliai ir kitos šiukšlės turi būti periodiškai išvalomos, o narvai turi būti reguliariai tikrinami, siekiant užtikrinti, kad jie gerai sutvarkyti. Laukiniai gyvūnai taip pat gali būti problema narvų sistemose, todėl narvus reikės apsaugoti nuo paukščių ar žinduolių, kurie gali bandyti valgyti žuvį.
Pažangiam ūkininkui, norinčiam auginti žuvis ištisus metus, gali būti naudojama vidaus arba lauko recirkuliacinė akvakultūros sistema. Ši sistema yra pati techniškai pažangiausia, ją pradėti gana brangu, tačiau duodama daug žuvų ir ūkininkas gali kontroliuoti visus auginimo proceso aspektus. Recirkuliacinėje sistemoje svarbiausia yra vandens kokybė. Vanduo turi būti išvalytas nuo kietųjų atliekų, naudojant nusodintuvą, būgninį filtrą ar kitą filtravimo įrenginį. Žuvys taip pat gamina skystas atliekas, kurios turi būti pašalintos iš sistemos naudojant biofiltrą.
Tokio tipo akvakultūros sistemoje vanduo turi nuolat judėti, o atsarginės sistemos yra būtinos, nes žuvys gali pradėti mirti jau po 30 minučių stovinčiame vandenyje. Visi vandens kokybės aspektai turi būti tikrinami kasdien, o daugumoje sistemų taip pat reikia įpilti vandens dėl nuostolių dėl garavimo. Šios sistemos žuvys yra lengvai skinamos ir gaminamos ištisus metus, todėl laikui bėgant ji yra ekonomiška.