Geriausias vaistas nuo bakterinės vaginozės paprastai yra receptinis vaistas. Antibiotikai, vartojami per burną arba įterpiami į makštį, paprastai veiksmingai pašalina bakterijas, atsakingas už bakterinę vaginozę. Daugumai moterų geriamieji antibiotikai yra geriausias bakterinės vaginozės gydymas, nes tie, kurie įvedami į makštį, dažnai yra šiek tiek mažiau veiksmingi. Kartais moteris taip pat gali apsvarstyti galimybę naudoti namų gynimo priemones nuo bakterinės vaginozės, tačiau namų gynimo priemonės paprastai nėra patikimos gydant šią konkrečią bakterinę infekciją.
Daugeliu atvejų geriausia priemonė nuo bakterinės vaginozės yra antibiotikas, vadinamas metronidazolu, kuris dažnai parduodamas su prekės ženklu Flagyl®. Metronidazolas paprastai skiriamas tablečių pavidalu, bet gali būti vartojamas ir per makštį. Gelio forma, kuri įterpiama į makštį bakterinei vaginozei gydyti, vadinama Metrogel®. Moteris taip pat gali naudoti gelį, vadinamą klindamicinu, kaip alternatyvą Metrogel®. Tačiau taip pat verta paminėti, kad kai kurie bakterinės vaginozės atvejai praeina savaime.
Apskritai geriamasis metronidazolas yra veiksmingesnis gydant bakterinę vaginozę nei naudojant makštį. Tačiau kai kuriais atvejais moteris gali teikti pirmenybę per makštį vartojamiems vaistams, nepaisant to, kad jie yra šiek tiek mažiau veiksmingi nei geriamieji vaistai. Taip yra dėl to, kad kai kurie žmonės pranešė apie nemalonų šalutinį poveikį vartodami metronidazolą. Šalutinis poveikis taip pat gali pasireikšti vartojant makšties gelius, tačiau dažniausiai jie yra nedideli ir rečiau išsivysto.
Nors metronidazolas paprastai laikomas geriausiu vaistu nuo bakterinės vaginozės, yra ir kitų antibiotikų, kurie taip pat gali būti veiksmingi. Vienas iš alternatyvių bakterinės vaginozės gydymo būdų vadinamas tinidazolu. Nors jis gali būti ne toks veiksmingas bakterinės vaginozės gydymui kaip metronidazolas, jis laikomas patikimu gydymu. Jis taip pat yra susijęs su mažiau šalutinių poveikių nei metronidazolas.
Moteris taip pat gali jausti pagundą išbandyti naminius vaistus nuo bakterinės vaginozės. Tačiau dažniausiai namų gynimo priemonės nepavyksta, o išbandžius moteriai vis tiek gali prireikti gydymo. Tačiau gydytojai paprastai rekomenduoja gydymą, nes bakterinė infekcija gali sukelti komplikacijų. Pavyzdžiui, bakterinė vaginozė gali sukelti persileidimą, priešlaikinį gimdymą ir gimdos infekciją po gimdymo. Negydoma bakterinė vaginozė taip pat gali prisidėti prie dubens uždegiminės ligos išsivystymo, kuri gali sukelti sunkią ligą ir nuolatinį nevaisingumą.