Geriausios pumpernickel duonos pasirinkimas daugiausia priklauso nuo asmeninio skonio. Yra keletas skirtingų duonos rūšių, kurias galima įsigyti arba pagaminti, todėl kartais pasirenkama pagal labiausiai žinomų skonių rūšį. Kitas dalykas – kaip duona bus naudojama, nes jos skonis gali būti nuo saldaus ir lengvo iki tankios ir švelniai aštraus. Duonos tekstūra taip pat gali būti labai skirtinga, atsižvelgiant į tai, kokia rūšis yra perkama, o autentiška vokiška veislė yra labai trapios, sausos tekstūros, o ne kepiniams tinkamesnė duona, kurios pojūtis yra labiau panašus į kempinę. Papildomos kvapiosios medžiagos, esančios pumpernikelio kepalėje, taip pat gali padėti nuspręsti, kuris skonis skaniausias, nes kai kuriuose yra kmynų ar pankolių, o kituose yra kavos ar skrudintų duonos trupinių.
Viena išskirtinė pumpernickel duonos versija yra žinoma kaip vokiška pumpernickel ir galbūt yra viena iš ankstyviausių žinomų duonos rūšių. Jis formuojamas iš ruginių miltų, kurių sudėtyje yra sveikų arba susmulkintų ruginių uogų kartu su melasa. Naudojamas rauginimo agentas yra raugo starteris, suteikiantis duonai labiau fermentuoto skonio. Tešla dedama į kvadratinę kepimo skardą ir kai kuriais atvejais kepama orkaitėje beveik visą dieną, todėl ji tampa tanki, tanki ir šiek tiek sausa. Šią duoną geriausia rinktis, kai pagrindo reikia drėgniems ingredientams, pavyzdžiui, užtepėlėms arba vytintoms jūros gėrybėms, pavyzdžiui, rūkytai lašišai.
Kitą pumpernikelio duonos versiją galima gaminti taip, kad ji būtų panašesnė į standartinį ruginį kepalą, kai ruginiai miltai sumaišomi su kvietiniais arba universaliais miltais, kad tešloje būtų ilgesnės, elastingesnės glitimo gijos. Giliai ruda duonos spalva pasiekiama ne ilgai kepant, o naudojant tamsiai dėmius ingredientus, tokius kaip kakavos milteliai, melasa, kava ar šokoladas. Šie kepaliukai formuojami į apvalius, o ne į kvadratinius vokiško stiliaus kepalus ir kepami panašiai kaip įprasta duona. Šio tipo pumpernikelis geriausiai tinka sumuštiniams ar skrebučiui, nes jame daugiau drėgmės ir minkštesnės tekstūros nei vokiškoje veislėje.
Abiem atvejais pumpernikelio duona turėtų jaustis sunkesnė nei kitų rūšių duona, tai reiškia, kad joje yra daugiau ruginių nei kvietinių miltų. Kmynų ar pankolių sėklų įmaišymas yra tradicinis, tačiau tiems, kuriems sėklų skonis yra nepriimtinas, galima rasti paprastų kepalų. Kiti ingredientai gali būti džiovinti vaisiai ir riešutai, pabrėžiantys duonos saldumą. Kai kurios komerciškai pagamintos pumpernikelio duonos rūšys iš tikrųjų turi daug dirbtinių dažiklių ir saldiklių, todėl jų skonis labai skiriasi nuo duonos, kuriai naudojami įprastesni ingredientai.