Galbūt geriausias būdas dezinfekuoti SPA yra jį ištuštinti po kiekvieno naudojimo, tačiau dažniausiai tai neįmanoma ir nekenksminga aplinkai. Vonioje gali išsivystyti besimaudančiųjų bakterijos, todėl norint sunaikinti galimai kenksmingas bakterijas ir tinkamai veikti SPA įrangai reikės naudoti SPA dezinfekavimo priemonę. Chloras yra bene dažniausiai naudojamas SPA dezinfekavimo priemonė, ir nors jis veiksmingai naikina bakterijas, gali būti šiurkštus odai ir akims. Galimi ir kiti variantai, pvz., bromas, o bromas nėra toks žalingas odai kaip chloras.
Chloras kaip SPA dezinfekavimo priemonė yra gana nebrangus ir jį lengva greitai ir efektyviai įpilti į SPA. Jis nužudys daugumą vonioje esančių bakterijų ir netgi gali padėti tam tikru mastu išvalyti drumstą vandenį. Tačiau kiekvienas, kuris maudėsi sūkurinėje vonioje ar baseine, atpažins išskirtinį chloro kvapą. Šio SPA dezinfekavimo priemonės kvapas gali būti didžiulis ir nemalonus, o chloras gali išsausinti besimaudančiųjų odą, sukeldamas niežėjimą ir net paraudimą. Chloras taip pat gali sukelti deginimo pojūtį akyse, todėl daugelis besimaudančių stengiasi vengti chloro, kai tik įmanoma.
Bromas yra gera alternatyva chlorui kaip SPA dezinfekavimo priemonė. Jis taip pat yra gana nebrangus ir lengvai įpilamas į SPA vandenį, o kitaip nei chloras, bromas išliks aktyvus vandenyje daug ilgesnį laiką. Nors bromas gali turėti kvapą, jis paprastai nėra toks stiprus kaip chloro. Bene didžiausias bromo trūkumas yra jo polinkis mažinti vandens pH lygį. Tai reiškia, kad SPA savininkas arba įrenginį prižiūrintis asmuo turės skirti daugiau laiko SPA vandens stebėjimui ir pH lygio reguliavimui, kad jis būtų saugus ir patogus.
Mineraliniai valytuvai yra palyginti naujos SPA dezinfekavimo priemonės, mažiau ėsdinančios odą, jau nekalbant apie išskirtinai ilgalaikes. Tokio tipo dezinfekavimo priemonės dažniausiai būna lazdelių pavidalo ir įdedamos į SPA filtrus. Vienas iš didžiausių šio tipo SPA dezinfekavimo priemonių trūkumų yra kaina: mineraliniai valikliai greičiausiai bus daug brangesni nei chloro ir bromo. Nors jie gali būti veiksmingi naikindami bakterijas, labiau tikėtina, kad jie bus įveikti nei chloras ir bromas, o tai reiškia, kad vanduo gali būti ne toks patikimai švarus.