Kepdami ruginę duoną paprastai galite rinktis iš kelių ruginių miltų. Kokius miltus geriausia naudoti, priklauso nuo kepamos duonos rūšies ir norimo ruginio skonio. Kai kuriuose receptuose taip pat nurodoma tam tikra miltų rūšis, o ne kita. Įprastos veislės yra pumpernikelis, nesmulkinti ruginiai miltai ir vidutiniai ruginiai miltai. Šviesūs arba balti rugiai paprastai būna tokio lengvo skonio, kad kai kurie kepėjai jo vengia.
Paprastai Jungtinėse Valstijose tiek vidutinio dydžio ruginiai, tiek pumpernikelio miltai yra viso grūdo miltai. Pupernikelio miltai dažniausiai naudojami pumpernikelio duonai, sočiai, tamsiai sumuštinių duonai gaminti. Vidutiniai miltai paprastai naudojami įprastoms ruginės duonos receptams gaminti. Pumpernikelio miltai paprastai malami rupiau nei vidutiniai ruginiai, todėl iš jų gaunama tamsesnė duona. Kai kuriais atvejais pumpernikelio miltai iš tikrųjų nėra miltai, o sumalami iki patiekalo tekstūros ar net rugių dribsnių.
Vidutiniai ruginiai miltai arba miltai, tiesiog pažymėti kaip „ruginiai“, yra standartinis duonos kepimo pasirinkimas. Vidutinio skonio kepaliuką gausite, jei naudosite vidutinio dydžio miltus. Kitas variantas – naudoti miltų mišinį, jei norite pagaminti minkštą, sumuštinio tipo duonos kepalą.
Jei norite pagaminti tamsesnę, stipresnio skonio ruginę duoną, vietoj vidutinio dydžio ruginės duonos galite naudoti pumpernikelio miltus. Tačiau kai kurie kepėjai visai nerekomenduoja naudoti pumpernikelio miltų, nes nėra aiškaus apibrėžimo, kas tai yra. Ruginių miltų naudojimas yra saugus tamsiai duonai ir pumpernikelio duonai, nes garantuojama, kad naudosite tikrus miltus. Kadangi šiuose miltuose paprastai yra mažai glitimo arba baltymų, dauguma kepėjų maišo juos su universaliais kvietiniais miltais, kad pagamintų ne per tankų duonos kepalą.
Savo tekstūra ir skoniu panašūs į universalius arba baltus kvietinius miltus, šviesūs ruginiai miltai yra taip smulkiai sumalti, kad nebelieka daug ruginio skonio, vadinasi, tai paprastai nėra geras pasirinkimas duonai kepti. Jei iš šių miltų gaminate sausainius ar kitus subtilius pyragus, geriausias pasirinkimas gali būti šviesūs miltai.
Ilgiausiai galioja šviesūs ruginiai miltai, nes pašalinamos greitai apkarstančios sėlenos ir gemalai. Viso grūdo miltų galiojimo laikas gali pailgėti tinkamai laikant. Vidutiniai ir nesmulkinti miltai turi būti laikomi šaldiklyje sandariai uždarytuose induose ar maišeliuose.