Pelėsių naikinimas yra gana paprastas procesas, todėl pelėsiui naikinti galima naudoti daugybę metodų. Problema ta, kad kai pelėsis negyvas, sporos vis tiek gali išgyventi, todėl pelėsis pasikartos per kelias dienas ar savaites. Todėl žmonės, norintys atsikratyti pelėsio, turės ne tik naikinti pelėsius, bet ir imtis tam tikrų papildomų veiksmų, kad jie nepasikartotų.
Žmonėms, nerimaujantiems dėl stiprių cheminių medžiagų naudojimo valant, gera žinia ta, kad pelėsį galima naikinti netoksiškomis medžiagomis, kurios yra įprastos daugelyje namų. Actas, citrinų sultys ir kitos rūgštys puikiai naikina pelėsį, taip pat galima naudoti arbatmedžio aliejaus arba greipfrutų sėklų ekstrakto tirpalą vandenyje, kad sunaikintų pelėsį, įlašinant apie 20 lašų kas du puodelius vandens. Paprastai nerekomenduojama sunaikinti pelėsį balikliu, nes gali atsirasti dėmių ant nebaltų objektų.
Norėdami sunaikinti esamą pelėsį, apipurkškite acto arba vieno iš aukščiau išvardytų tirpalų ant supelijusios vietos ir leiskite jam trumpai įsigerti, prieš nuvalydami. Tada pašildykite vietą, nes šiluma naikina pelėsį ir išgarina drėgmę, todėl pelėsiui nebelieka vandens, kurio jam reikia pakartotinai. Jei daiktai gali tilpti į skalbimo mašiną, pavyzdžiui, užuolaidos ar drabužiai, pelėsis gali būti nužudytas plaunant su acto puodeliu ir džiovinant aukštoje temperatūroje.
Siekiant išvengti pasikartojimo po pelėsio sunaikinimo, vieta turi būti šilta ir žema drėgmė. Drėgmės surinkėjo naudojimas gali padėti ypač drėgname klimate, taip pat atidaryti langus ir duris kryžminiam vėdinimui. Supelijusius kilimėlius ir baldus galima apdoroti skystu tirpalu, o tada saulėtą dieną išnešti į lauką, kad sunaikintų pelėsį ir su juo susijusias sporas. Jei supelijusios gipso kartono plokštės, grindys ir kiti įrenginiai, gali prireikti nuimti ir pakeisti armatūrą, kad pašalinus pelėsį nepasikartotų.
Neabejotinai geriau apsisaugoti nuo pelėsio, o ne sunaikinti, nes net ir išnykus pelėsiui, jis gali palikti negražių dėmių, o pelėsio buvimas namuose gali turėti neigiamos įtakos žmonių sveikatai. Apsisaugoti nuo pelėsio galima palaikant karštą ir sausą aplinką, kad pelėsis nesidaugintų, ir užtikrinant, kad patalpos būtų gerai vėdinamos. Pelėsio niekada negalima dažyti, tinkuoti, klijuoti plytelėmis ar dengti kilimine danga, nes pelėsis ir toliau veštės po danga, sukurdamas savitą dėmę ir paskleisdamas sporas į likusią namo dalį.