Nors daugelis skrydžių numerių gali pasirodyti atsitiktiniai, beprotybė tikrai slypi metodu. Atskiros aviakompanijos numerius kuria pačios, remdamosi vidine metodika, tačiau savo pastangas turi derinti su kitomis oro linijomis, kad nekiltų painiavos skrydžių valdymo bokštuose. Pavyzdžiui, „United Airlines“ ir „American Airlines“ negali tuo pačiu metu atvykti dviejų panašių skrydžių lėktuvų. Oro linijų bendroves valdo Tarptautinė oro transporto asociacija (IATA), todėl IATA dažnai turi patvirtinti šiuos paskyrimus, kol oro linijų bendrovė gali juos įgyvendinti.
Daugelis skrydžio numerių priskiriami pagal bendrą skrydžio kryptį. Lėktuvams, skriejantiems į rytus arba šiaurę, paprastai priskiriami lyginiai numeriai, o lėktuvams, skriejantiems į vakarus ar pietus, – nelyginiais. Grįžtamieji skrydžiai dažnai priskiriami vienu skaičiumi didesni nei išvykimo skrydis, todėl keleiviai gali lengvai prisiminti, kuriuo skrydžiu atgal skristi. Pavyzdžiui, išgalvotos „Paaiškinta Airlines“ skrydis iš Niujorko į Las Vegasą gali išskristi vidurdienį. Kadangi jis keliauja į vakarus, jis gali būti pažymėtas kaip skrydis 711. Paaiškinta Airlines skrydis iš Las Vegaso atgal į Niujorką greičiausiai būtų vadinamas skrydžiu 712. Abu skrydžio numerius turėtų patvirtinti IATA, jei nutiktų „United Airlines“ skrydis 712 taip pat atvyks į Niujorką maždaug tuo metu.
Oro linijų bendrovės taip pat priskiria skrydžių numerius pagal sutartų parametrų rinkinį. Viena didelė oro linijų bendrovė gali sutikti apriboti savo galimus pasirinkimus iki 1-499. Kita aviakompanija, galbūt mažesnis vežėjas, dirbantis su pagrindine oro bendrove, galėtų turėti 500–749. Kitos pagrindinės aviakompanijos skaičius gali būti nuo 750 iki 1000 ir pan. Taikydamos praktiką, vadinamą dalijimuisi kodais, mažesnės regioninės oro linijos, dirbančios kartu su pagrindinėmis oro linijomis, derina savo numerius, kad išvengtų painiavos ir kad skrydis būtų bendras. Kai kurios oro linijos taip pat nurodo skrydžių numerius pagal lėktuvo paskirties vietą arba keleivių, kuriuos jis skraidins, tipą. Pavyzdžiui, vidaus skrydžiai gali turėti dviejų skaitmenų skaičius, o tarptautiniai skrydžiai gali būti trijų skaitmenų. Ši praktika įvairiose oro linijose skiriasi, tačiau paprastai ji yra nuosekli. Užsakomieji skrydžiai gali turėti specialius numerius, kurie leidžia oro linijų darbuotojams iš karto juos atpažinti.
Tačiau skrydžio numerių priskyrimas nėra visas reikalas. Oro linijų bendrovėms leidžiama protingumo ribose paskirti lėktuvus, kurių skaičius yra didelis ar įnoringas. Pavyzdžiui, skrydis į San Franciską gali gauti tokį, kaip 49 arba 1849 m., pagerbdamas garsiąją 1849 m. aukso karštligę. Skrydis į Filadelfiją gali pasirinkti 1776 arba 76 metus, atspindėdamas šio miesto istorinį vaidmenį formuojant Jungtinės Valstijos. Kai kurie skrydžiai į kazino miestelius, tokius kaip Las Vegasas ar Reno, Nevada, gali turėti skaitmenis su 7 ir 11, kad pasisektų. Kol oro linijų bendrovė nepažeidžia IATA taisyklių dėl skrydžių numerių, ji gali pasirinkti numerius dėl savo priežasčių. Šie skaičiai taip pat gali būti pakeisti, jei jie taps prieštaringi, pavyzdžiui, „American Airlines“ 11-ojo skrydžio, kuris 11 m. rugsėjo 2001 d. nukrito į Pasaulio prekybos centrą, atveju.