Galite palyginti operacines sistemas atsižvelgdami į aparatinės įrangos platformą, su kuria turite dirbti, kokias programinės įrangos programas jums reikia, pinigų sumą, kurią galite sau leisti išleisti, savo žinias apie sistemos veikimą arba prieigą prie techninės pagalbos. ar norėtumėte uždaro ar atvirojo kodo sistemos. Jei norite sistemos su įmonės teikiamu klientų aptarnavimu, galite pasirinkti vieną iš Microsoft® Windows® operacinių sistemų, Apple Inc. Mac OS X® arba Google Chrome®. Jei jums reikia įsigyti pigesnę arba nemokamą operacinę sistemą, galite pasirinkti iš daugybės nemokamų atvirojo kodo sistemų, tokių kaip Linux, platinimų.
Lygindami operacines sistemas atminkite, kad daugeliui nemokamų platinimų – net jei tai serverių operacinės sistemos – nebus teikiama įmonės palaikoma techninė pagalba. Tačiau beveik visas šias sistemas neoficialiai palaiko tarptautinė internetinė vartotojų bendruomenė, siūlanti viena kitai nemokamą savitarpio pagalbą. Operacinės sistemos saugumas paprastai geriau palaikomas naudojant atvirojo kodo sistemas, nes kai tik aptinkama rizika, galima sukurti pataisą nelaukiant, kol programinės įrangos įmonė ją išleis. Didžiųjų įmonių gaminamos ir parduodamos uždarojo kodo programos suteiks naujausių operacinių sistemų techninį palaikymą, tačiau pataisos, skirtos saugumo rizikai pašalinti, gali būti ne taip greitai paskelbtos visuomenei.
Kai lyginate operacines sistemas, taip pat turėsite atsižvelgti į platformą, kurioje paleisite sistemą. „Apple“ gaminamuose kompiuteriuose bus įdiegta „Mac OS X®“ operacinė sistema. Daugumoje kitų kompiuterių bus įdiegta „Windows®“ versija. Dauguma asmeninių kompiuterių galės paleisti bet kurią iš kelių operacinių sistemų. Jei turite daug žinių, kaip naudoti pažangias Unix komandas, galite pasvarstyti apie gryną Unix sistemą.
Lyginant operacines sistemas taip pat reikia atsižvelgti į skaičiavimo tipą, kurį reikia atlikti, nes ne visos programinės įrangos programos turi versijas, kurias galima paleisti kiekvienoje operacinėje sistemoje. Gali reikėti rasti lygiavertes programas, kurios veiks kitose operacinėse sistemose, arba galite įdiegti programą, kuri emuliuotų kitą operacinę sistemą. Tačiau netgi tai gali nepašalinti suderinamumo problemų. Reikia atsiminti, kad kai kurios operacinės sistemos, pvz., „Linux“ platinimai, yra prieinamos tiesioginiame kompaktiniame diske (CD) ir gali būti išbandytos neįdiegę jų į kompiuterio standųjį diską.