Geriausias mielodisplastinio sindromo gydymas dažnai skiriasi priklausomai nuo kelių skirtingų veiksnių, turinčių įtakos paciento poreikiams. Jaunesniems geros sveikatos pacientams gali būti tinkamas agresyvesnis gydymas, siekiant sulėtinti arba sustabdyti ligą. Kiti gali turėti tik palaikomąją priežiūrą, pvz., transfuzijas ar antibiotikus, kurie gydo sindromo padarinius ir pagerina jų gyvenimo kokybę. Tiems, kurie serga lengvesnėmis ligos formomis, gali prireikti tik palaikomosios priežiūros.
Viena mielodisplastinio sindromo gydymo galimybė, kuri kai kuriems žmonėms gali turėti labai gerų rezultatų, yra chemoterapija, po kurios atliekama kaulų čiulpų transplantacija. Chemoterapija naudojama sutrikusioms kaulų čiulpų ląstelėms naikinti, o tada joms pakeisti naudojamos tinkamo donoro ląstelės. Kai kuriems pacientams šis metodas galėjo išgydyti ligą; dauguma atvejų yra nepagydomi. Kitiems jis gali žymiai sulėtinti jos progresavimą. Tačiau procedūra yra sudėtinga ir rizikinga, todėl ji dažnai taikoma tik jauniems ir stipriems pacientams arba tiems, kurie turi labai agresyvių mielodisplazinio sindromo tipų.
Pacientai, kuriems chemoterapija ir transplantacija netinka, paprastai gauna palaikomąją pagalbą, padedančią sumažinti neigiamą ligos poveikį. Vienas iš svarbių palaikomojo mielodisplazinio sindromo gydymo būdų yra kraujo perpylimas. Liga naikina kraujo ląsteles ir paveikia organizmo gebėjimą gaminti daugiau, todėl šiems pacientams dažnai kyla anemija. Perpylimas gali padėti pakeisti prarastą kraują ir kovoti su anemijos padariniais.
Augimo faktorių naudojimas yra dar vienas mielodisplazinio sindromo gydymas anemijai gydyti. Augimo faktoriai yra medžiagos, skatinančios raudonųjų kraujo kūnelių gamybą. Augimo faktoriaus tipas, paprastai naudojamas sergant šia liga, vadinamas eritropoetinu.
Kai kuriais atvejais manoma, kad kai kurie vaistai padeda gydyti mielodisplazinį sindromą. Tokie vaistai kaip lenalidomidas ir antitimocitinis globulinas gali padėti kovoti su anemija ir sumažinti kraujo perpylimo poreikį pacientams, sergantiems specifinėmis ligos formomis. Pacientams, kuriems perpilama, gali prireikti deferoksamino, kuris padėtų kovoti su geležies kaupimu kraujyje ir audiniuose. Kai kuriems pacientams gali pasireikšti leukemija; gali būti vartojami vaistai, tokie kaip azacitidinas ir decitabinas, kurie padeda atidėti arba sustabdyti jo atsiradimą. Žmonės, sergantys mielodisplaziniu sindromu, gali būti jautrūs infekcijai, todėl jiems taip pat gali prireikti gydymo antibiotikais.