AIDS epidemijos pradžia buvo subtilus viruso genetinės medžiagos pokytis, dėl kurio virusas tapo zoonoziniu, o tai reiškia, kad jį galėjo perduoti gyvūnai žmonėms. Per laikotarpį, kuris tikriausiai truko dešimtmečius, virusas ne kartą buvo perduodamas iš Afrikos primatų žmonėms, o galiausiai jis įsitvirtino žmonių populiacijoje ir pradėjo plisti už Afrikos žemyno ribų. Iki to laiko, kai mokslininkai ir medicinos specialistai sugebėjo sujungti visus taškus, AIDS epidemija išplito po didžiąją pasaulio dalį; 2007 m. daugiau nei 33 milijonai žmonių visame pasaulyje buvo užsikrėtę ŽIV, virusu, kuris virsta AIDS.
Yra tam tikrų ginčų dėl AIDS epidemijos pradžios, ir net dabar mokslininkai vis dar dėlioja dėlionės dalis. Akivaizdu, kad ŽIV virusas atsirado iš Vakarų ir Centrinėje Afrikoje gyvenančių primatų, o žmonėms jis greičiausiai buvo perduotas bendruomenėse, kuriose žmonės valgo primatų mėsą. Kai kurie tyrinėtojai teigė, kad miestų augimas Afrikoje taip pat galėjo prisidėti prie AIDS plitimo, nes sutelkė žmonių populiacijas.
Iš Afrikos AIDS virusas peršoko į Haitį, o paskui pradėjo sparčiai plisti įvairiomis kryptimis. Gėjus stiuardesė, kartais vadinama „Patient Zero“, dažnai šmeižiama dėl AIDS epidemijos sukėlimo, tačiau visi įrodymai rodo, kad virusas vienu metu plito keliose bendruomenėse; ŽIV virusas iš tikrųjų turi kelias skirtingas grupes arba „kladus“, iliustruojančius faktą, kad jį sukėlė ne vienas asmuo.
Kladai taip pat siūlo kažką įdomesnio, ty tai, kad ŽIV ir AIDS tikriausiai yra daug senesni, nei žmonės galvoja. Bendros žinios apie AIDS epidemiją rodo, kad virusas atsirado devintajame dešimtmetyje, bet iš tikrųjų jis greičiausiai pradėjo plisti XX amžiaus ketvirtajame dešimtmetyje ir augo eksponentiškai, kol 1980-aisiais buvo pakankamai atvejų, kad medicinos specialistai suprastų, kad juos ištiko epidemija. Mažiausiai viena dokumentuota mirtis nuo AIDS datuojama šeštajame dešimtmetyje, o tai patvirtina šį požiūrį.
Sužinoję daugiau apie AIDS epidemijos plitimą, mokslininkai tikisi atrasti naujų metodų, kaip gydyti ir galbūt išgydyti ar skiepyti nuo šios ligos. Pavyzdžiui, skirtingi kladai reaguoja į gydymą unikaliais būdais, iliustruodami ŽIV ir AIDS virusų įvairovę, o kai kurie kladai yra mirtingesni už kitus; mažiau mirtini kladai tikriausiai yra senesni, nes jų aukos būtų gyvenusios pakankamai ilgai, kad liga toliau plistų.