Kipariso bonsai priežiūra gali priklausyti nuo pasirinktos konkrečios medžio rūšies, nes yra daugiau nei 100 skirtingų kiparisų atmainų, skirtų bonsui lavinti. Populiarios kipariso bonsai versijos yra Lawson – Chamaecyparis lawsoniana, japonų Hinoki – Chamaecyparis bukas ir japonų Sawara – Chamaecyparis pisifera. Kitas įprastas kipariso bonsų tipas, rekomenduojamas pradedantiesiems, nors ir nėra tikras kiparisų rūšis, yra plikasis arba pelkinis kiparisas – Taxodium distichum. Todėl kiparisų priežiūra gali skirtis, nes kai kurie renkasi sausą klimatą, pavyzdžiui, japonų hinokius, o kai kurie auga pelkėse ir renkasi nuolat drėgną aplinką, pavyzdžiui, plikasis kiparisas. Tačiau paprastai kiparisus lengva auginti kaip bonsus, todėl nuo 2011 m. jie tapo labai populiariu pasirinkimu ir yra medžiai, kurie mėgsta pilną saulės šviesą ir reguliarų tręšimą.
Dauguma kiparisų rūšių yra gana atsparūs, todėl iš jų gaunami geri bonsai egzemplioriai, nes medžio pritaikymas prie bonsai gyvenimo būdo gali sukelti įtampą medžiui. Kalbant apie laistymo dažnumą, Hinoki kiparisas yra ta rūšis, kuriai reikalingos sausiausios sąlygos. Hinoki dirva didžiąją laiko dalį turėtų būti drėgna, tačiau tai yra sausrai atspari rūšis, galinti išgyventi šaltesnėmis ir sausesnėmis sąlygomis nei kiti kiparisiniai bonsai. Pagal šį spektrą Sawara kiparisams reikia daugiau vandens, nes jis auga drėgnose vietose, o plikajam kiparisui reikalinga beveik pastovi drėgno dirvožemio būklė, nes jis auga pelkėse. Sawara ir plikieji kiparisai taip pat gali mirti, jei yra veikiami šaltų sąlygų, todėl juos reikia žiemoti šiltnamiuose.
Apskritai bonsai gali būti dažniau užpuolami kenkėjų ir ligų nei jų kolegos laukinėje gamtoje dėl ribotų sąlygų, kuriomis jie auginami. Nors Hinoki medis yra gana atsparus kenkėjams ir ligoms, Sawara ir Bald kiparisus dažnai užpuola šakniniai amarai, o šakos turi gležnas, kurias reikia genėti suspaudus pirštais, o ne pjaunant, kad būtų išvengta neteisėtos žalos medžiams. „Lawson“ kiparisui, kuris yra viena iš populiariausių auginamų kiparisų bonsų atmainų, taip pat reikalinga nuolat drėgna dirva, kaip Sawara, bet ne drėgnos sąlygos, kuriomis mėgsta plikieji kiparisai. Viena iš auginimo sąlygų, būdinga visiems populiariems kiparisiniams bonsams, yra ta, kad jie visi mėgsta pilną saulės šviesą, o tai dažnai reiškia, kad pačias bonsai talpyklas geriausia prižiūrėti lauke.
Plikasis kiparisas gavo savo pavadinimą dėl to, kad tai unikalus lapuočių spygliuočių medis, kuris žiemą praranda savo spyglius primenančius lapus. Lapija pirmiausia taps oranžinė, o vėliau ruda, o tai, esant kitiems kipariso bonsams, rodytų, kad medis miršta. Plikuose kiparisuose tai natūralus rudens įvykis. Nustatyti tinkamą vandens lygį plikajam kiparisui taip pat galima stebėti, ar naujai žalumynai nenusvyra, o tai rodo, kad jam reikia daugiau vandens.
Sodinti kipariso bonsus taip pat rekomenduojama kartoti kas dvejus trejus metus visoms rūšims, nors kai kurios auga greičiau nei kitos. Hinoki paprastai auga lėčiausiai, todėl gali būti persodinami rečiau nei tokias veisles kaip Sawara. Plikasis kiparisas auga greičiausiai ir gali būti saugiai persodinamas kiekvienais metais. Kadangi kipariso bonsai žievė gali būti gležni, taip pat reikia pasirūpinti, kad medžiai užaugtų tam tikros formos. Kai viela užsiveržia, ją reikia nuimti ir pakeisti laisvesnėmis apvijomis arba visai neapsukti.