Kad čekių apdorojimas veiktų, paprastai atliekamos kelios atskiros operacijos. Pirmasis proceso žingsnis įvyksta, kai čekį patvirtina einamojoje sąskaitoje nurodytas asmuo arba subjektas. Bankas, valdantis einamąją sąskaitą, paprastai patvirtina čekio banko maršruto numerį, einamosios sąskaitos numerį ir asmens ar subjekto pateiktą čekio sumą. Patikrinęs čekį, mokėjimų apdorojimo įmonė persiunčia lėšas į prekybininko verslo sąskaitą. Nors kai kurie prekybininkai turi savo čekių apdorojimo sistemas, kai kurie nusprendžia naudoti trečiosios šalies sistemą, kad palengvintų operaciją nuo pradžios iki pabaigos.
Paprastai asmuo arba subjektas atlieka mokėjimą vienu iš trijų būdų čekiu. Kai sandoris atliekamas asmeniškai, klientas naudoja popierinį čekį, kurį parduotuvės darbuotojas apdoroja vietoje. Kai kuriais atvejais klientai nusprendžia siųsti mokėjimus čekiais paštu, o operacijos procesas vyksta taip pat, tarsi mokėjimas būtų gautas asmeniškai. Kitas būdas apmokėti už operaciją čekiu yra internetinė operacija, kai pirkimo suma yra nurašoma iš sąskaitos, remiantis nukreipimu ir tikrinant sąskaitos numerius.
Procesas yra beveik toks pat, nesvarbu, ar apmokama čekiu asmeniškai, paštu ar internetu. Banko maršruto numeris, atsiskaitymo sąskaitos numeris ir pirkinio suma patenka per elektroninę sistemą. Mokėjimo operacija paprastai skelbiama kliento banko ataskaitoje su čekio numeriu arba identifikavimo kodu, nurodnčiu, kad buvo atliktas elektroninio čekio mokėjimas.
Laikas, kurio reikia čekio apdorojimui, gali skirtis priklausomai nuo kintamųjų, pvz., prekybininko, banko įstaigos ir apdorojimo operacijos sudėtingumo. Čekio apdorojimo operacija paprastai baigiama kliento sąskaitoje per vieną ar tris dienas. Tačiau šis procesas tarp prekybininko ir trečiosios šalies sistemos gali užtrukti ilgiau.
Čekių apdorojimo procedūra paprastai priklauso nuo čekių apdorojimo sistemos sudėtingumo. Kartais mokėjimo suma apdorojama akimirksniu. Kitais atvejais apdorojimo įmonė gali sulaikyti lėšas, kol mokėjimo operacija bus baigta. Kitose sistemose, kurios operacijos neapdoroja iš karto ir nesulaiko lėšų, procesas gali užtrukti iki trijų dienų.
Bankas gali leisti arba atmesti mokėjimą. Tai gali priklausyti nuo finansinių susitarimų tarp banko ir kliento. Jei klientas ir bankas nėra iš anksto susitarę dėl mokėjimų padengimo, dėl nepakankamų lėšų prekybininkas gali būti nurašytas. Paprastai mokėjimų apdorojimo įmonė ima iš prekybininko mokestį už grąžintą prekę.
Kai kurie klientai gali turėti overdrafto apsaugą, kuri įgalioja banką patvirtinti mokėjimą, nors sąskaitoje nėra pakankamai lėšų. Paprastai lėšos pervedamos iš atskiros sąskaitos, kad būtų padengta suma, kartu su papildomais apdorojimo mokesčiais. Trečiosios šalies sistemos požiūriu čekių apdorojimo metodas paprastai nepasikeis.