Pacientas imsis pasirengimo endoskopijai veiksmų, kurie apima išsilavinimą ir kūno paruošimą procedūrai. Šie žingsniai apima viską nuo konsultacijos su gydytoju iki maisto, vaistų ir tabako vartojimo nutraukimo prieš tyrimą. Pacientai netgi turės atsižvelgti į drabužius, kuriuos dėvi procedūros metu. Patekęs į ligoninę, jis ir jo medicinos personalas tęs endoskopinį pasiruošimą, kad tyrimas būtų atliktas kuo sklandžiau ir efektyviau. Dėl kai kurių šių preparatų pobūdžio, atliekant endoskopijas, pacientai paprastai turi būti lydimi pakeliui namo.
Vienas iš pirmųjų žingsnių ruošiantis endoskopijai yra gydytojo ir paciento susitikimas. Šio susitikimo metu gydytojas pacientui paaiškins procedūros ir endoskopinio pasiruošimo bei tolesnio gydymo veiksmus. Tada jis atsakys į visus paciento klausimus.
Pacientas papasakos gydytojui apie visas savo alergijas, taip pat atskleis visus savo receptinius ir nereceptinius vaistus. Prieš endoskopiją gydytojas jam pasakys, ar reikia nutraukti vaistų vartojimą ir, jei taip, kokius vaistus ir kiek laiko jis turi nutraukti. Paprastai gydytojai pataria pacientams nutraukti vaistų, kurių sudėtyje yra aspirino ar sukralfato, vartojimą. Šie vaistai gali pateikti klaidingus testo rodmenis. Prieš pasibaigiant vizitui, gydytojas paprašys paciento pasirašyti sutikimo formą, patvirtinančią, kad jis supranta pasiruošimo endoskopijai žingsnius, procedūros riziką ir tolesnio gydymo reikalavimus.
Dažniausiai endoskopijos skiriamos ryte, nes pacientai turi nustoti valgyti ir gerti likus bent aštuonioms valandoms iki procedūros. Kai kurie gydytojai patars pacientams nustoti valgyti likus 10 valandų iki tyrimo. Likus keturioms valandoms iki endoskopinės procedūros gali būti leistini skaidrūs skysčiai, o pacientams paprastai leidžiama išsivalyti dantis prieš išvykstant į ligoninę. Jei gydytojas nusprendžia, kad pacientas gali toliau vartoti tam tikrus būtinus vaistus, paprastai pacientas gali juos išgerti likus dviem valandoms iki procedūros, užsigerdamas vandens gurkšneliu. Paprastai tabako vartotojams bus patariama nustoti vartoti bet kokius tabako gaminius likus mažiausiai šešioms valandoms iki endoskopijos.
Ligoninėje bus tęsiamas paciento pasirengimas endoskopijai. Labiausiai tikėtina, kad jo gydytojas arba slaugytoja paklaus jo, ar jis laikėsi visų kitų pasiruošimo endoskopijai etapų. Procedūros rytą pacientai turi dėvėti laisvus drabužius, be užtrauktukų, liemenėlės apačios ir kitų metalų. Jei pacientas nešioja protezus ar akinius, prieš endoskopiją jis turės juos išimti. Kai kurie gydytojai gali pageidauti, kad pacientai nuimtų visus papuošalus, tokius kaip dideli auskarai ir karoliai, taip pat liežuvio ar lūpų auskarai.
Paprastai prieš pat endoskopinį tyrimą pacientai gaus vietinį anestetiką. Taip nutirpsta burnos ir gerklės sritis, kad būtų išvengta užkimimo. Priklausomai nuo gydytojo ir paciento, pacientas taip pat gali gauti vaistus nuo nerimo, anesteziją arba abu. Bet kuris iš šių vaistų arba abu šie vaistai gali būti naudojami siekiant padėti atpalaiduoti pacientą ir užkirsti kelią užkietėjimui, sustingusiems ir susitraukusiems raumenims bei nuraminti refleksus. Paprastai pacientui, kuriam ką tik buvo atlikta endoskopinė procedūra, neleidžiama važiuoti namo, jis turi išeiti iš ligoninės su šeimos nariu, draugu ar kitu patikimu pažįstamu.