Hipnopompinės haliucinacijos, kai žmogus pabudęs suvokia regėjimo ar garsines iliuzijas, paprastai priskiriamos priekinės skilties funkcijos sutrikimui. Šis reiškinys, dažnai vadinamas „miego inercijos“ pasireiškimu, atsiranda, kai smegenys nesugeba greitai pritaikyti žmogaus sapnavimo būsenos į pabudusią. Dėl to sapnų vaizdai ir garsai gali būti perkelti į žmogaus sąmoningą suvokimą. Nustatyta, kad nemiga yra pagrindinė sutrikusios psichinės funkcijos, susijusios su šiomis haliucinacijomis, priežastis, nors kitos galimos priežastys yra piktnaudžiavimas narkotikais, depresija ir fiziologiniai sutrikimai.
Asmenys, kenčiantys nuo nemigos, dažniausiai patiria hipnopompines haliucinacijas. Miego trūkumas gali labai sulėtinti psichinę veiklą, todėl priekinė skiltis negali greitai atskirti ryškių sapnų nuo realybės. Be to, nemigus dažnai kamuoja mikromiegai, itin trumpi netyčinio miego laikotarpiai. Greitas miego greitis gali iš karto panardinti žmogų į greito akių judesio (REM) miegą – miego lygį, kuris labiausiai siejamas su sapnavimu. Mikromiegojęs žmogus paprastai pabunda praėjus kelioms sekundėms po to, kai pasiekia būseną, per greitai įsibėgėja per miego ir sąmonės stadijas, kad smegenys galėtų tai apdoroti.
Tam tikrų vaistų vartojimas taip pat gali sulėtinti smegenų veiklą. Tai labiausiai pastebima vartojant raminamuosius vaistus, tokius kaip diazepamas. Tie, kurie vartoja sunkius raminamuosius vaistus, paprastai praneša apie vangią psichinę funkciją, kuri savo ruožtu gali sukelti haliucinacijas pabudus iš miego. Kita vertus, haliucinogeniniai vaistai, tokie kaip opijus, prisideda prie šių iliuzijų vystymosi, nes pablogina vartotojo gebėjimą atskirti fantaziją nuo realybės. Gali būti, kad šis poveikis išliks ir pasibaigus vaisto poveikiui.
Psichikos sutrikimai, susiję su tam tikrų psichinių procesų išjungimu, po pabudimo gali turėti haliucinogeninį poveikį. Depresiniai sutrikimai, tokie kaip pagrindinis depresinis sutrikimas (MDD) ir sezoninis afektinis sutrikimas (SAD), yra galimos hipnopompinių haliucinacijų priežastys. Šios sąlygos dažnai yra susijusios su nemiga ir protinio aštrumo praradimu – dviem pagrindiniais veiksniais, sukeliančiais su miegu susijusias haliucinacijas.
MDD atveju yra didelė tikimybė, kad haliucinacijos gali atsirasti dėl biologinių smegenų problemų. Šis sutrikimas gali atsirasti, pavyzdžiui, dėl fiziologinio nesugebėjimo gaminti ar palaikyti reikiamo serotonino kiekio. Tai veda prie priekinės skilties veiklos sutrikimo ir dėl to haliucinacijų. Kai kuriems asmenims dėl fizinės žalos ar įgimtų sutrikimų gali susilpnėti priekinės skilties funkcija, todėl jie dažniau patiria hipnopompinių haliucinacijų pabudimo metu.