Ligos yra pagrindinė homeostazės nepakankamumo priežastis, nesugebėjimas išlaikyti fiziologinės pusiausvyros vidinėje kūno aplinkoje. Dėl procesų, susijusių su liga, audinių ir organų funkcionavimas pakeičiamas taip, kad sukelia sunkų prisitaikymą, ypač sergant ligomis, turinčiomis įtakos inkstų ir imuninės sistemos veiklai. Įjungiami tam tikri mechanizmai, saugantys organizmą nuo įsibrovėlių patogenų, tačiau sistema kartais gali klaidingai kovoti pati. Žmonėms senstant, organų sistemų galimybės silpnėja, o tai trukdo homeostatiniam funkcionavimui, kaip rodo Alzheimerio liga ir širdies aritmija.
Staigus inkstų funkcijos sutrikimas gali sukelti rimtų problemų dėl homeostazės nepakankamumo, nes šie svarbūs organai padeda kraujui pašalinti kenksmingus toksinus ir palaikyti efektyvų skysčių ir elektrolitų lygį. Augliai ir inkstų akmenys gali trukdyti šlapimo išsiskyrimui dėl šlapimo takų užsikimšimo, o tam tikri vaistai taip pat gali sutrikdyti inkstų veiklą. Esant kraujavimui, inkstų kraujotaka susilpnėja, o tai sukelia ūminį inkstų nepakankamumą, kuriam būdinga edema, pykinimas ir traukuliai. Taip pat gali atsirasti koma.
Temperatūros reguliavimo mechanizmai sutrinka dėl infekcinių agentų buvimo organizme, ypač tiems, kurių imuninė funkcija yra susilpnėjusi. Karščiavimas yra vienas iš svarbių būdų, kaip organizmas kovoja su infekcija, nes pagumburis pakelia vidinę temperatūrą, sukelia šaltkrėtį ir nuovargį. Normali kūno temperatūra svyruoja apie 98.6° Farenheito (37° Celsijaus), tačiau karščiavimas paprastai išsivysto esant maždaug 100° Farenheitui (38° Celsijaus). Nors karščiavimą galima suvaldyti vaistais, vadinamais karščiavimą mažinančiais vaistais, ir kitomis intervencijomis, veiksmingiausias gydymas išlaisvina organizmą nuo pažeidžiančio patogeno.
Imuninės sistemos gebėjimas atskirti save ir tikrus patogenus kartais gali trukdyti gydymui. Pavyzdžiui, pacientas, kuriam persodinamas organas arba perpilamas kraujas, gali patirti reakciją, dėl kurios gali sutrikti homeostazė, nes imuninė sistema pateikia daug būdų, kaip žmogaus organizmui apsaugoti skirti mechanizmai gali sugesti. Kartais išsivysto padidėjęs jautrumas, pernelyg jaudinantis imuninis atsakas į antigeną, kuris paprastai nesukelia jokios reakcijos, pvz., alerginė reakcija į bitės įgėlimą.
Pokyčiai, atsirandantys senstant, pablogina vyresnio amžiaus žmonių funkcionavimą. Įvairių žmogaus kūno sistemų pajėgumų mažėjimas, nors labiausiai pasireiškia vyresnio amžiaus žmonėms, gali prasidėti daug anksčiau, pavyzdžiui, sergant Alzheimerio liga. Kūno sistemos smunka skirtinguose taškuose, sukeldamos homeostazės sutrikimą dėl sumažėjusio nervų ir kitų organų funkcionavimo.