Skausmą sėdint gali sukelti daugybė ligų, įskaitant išialgiją, artritą, disko išvaržą, blogą laikyseną, miofascialinį skausmo sindromą, traumų sužalojimus ir net tiesiog pavargusius raumenis. Žmonės, kurie sėdi ilgą laiką, yra ypač jautrūs skausmui sėdėdami; žmonės, kurie visą dieną dirba prie stalo, arba žmonės, kurie sėdi invalido vežimėlyje, tam tikru momentu sėdėdami gali patirti skausmą. Skausmo stiprumas gali būti priežastis apsilankyti pas gydytoją, tačiau daugeliu atvejų problemai išspręsti pakanka pakeisti kasdienę rutiną ir sėdėjimo įpročius.
Miofascialinio skausmo sindromas yra būklė, kai jaučiamas skausmas tam tikrose kūno vietose. Skausmas gali būti stiprus ir paprastai atsekamas iki skausmo taško arba kūno dalies, kuri sukelia skausmą. Surišti raumenys dažniausiai yra skausmo priežastis sėdint, o apsilankymas pas gydytoją gali padėti sergančiajam sugalvoti kovos su šia būkle planą. Ši sąlyga vis dar nėra gerai suprantama net specialistų, todėl gydymo galimybės skirsis ir turės nevienodus rezultatus, priklausomai nuo sergančiojo reakcijos į gydymą.
Išialgija atsiranda, kai sėdimojo nervo, einančio nuo apatinės nugaros dalies ir kiekvienos kojos nugarėlės, dėl bet kokios priežasties suspaudžiamas, dažnai sukeliantis skausmą, aštrius skausmus, tirpimą ar dilgčiojimą bet kurioje kojų, sėdmenų, klubų ir apatinė nugaros dalis. Tai dažna skausmo priežastis sėdint, ją gali sukelti įtempti ar uždegę raumenys ir sausgyslės arba stuburo disko išvarža. Disko išvarža atsiranda, kai tarp dviejų slankstelių esantis stuburo diskas išsikiša ir taip spaudžia nervus, esančius šalia stuburo. Stuburo diskas gali suspausti sėdmeninį nervą, todėl sėdint gali atsirasti skausmas.
Prasta laikysena yra labai dažna skausmo sėdint priežastis, ypač tarp biuro darbuotojų. Kai apatinė nugaros dalis nepakankamai remiama kėde, nugarą laikantys raumenys gali pavargti, o tai sukels tų raumenų įtampą. Kuo įtempti raumenys, tuo didesnį diskomfortą jausis; tie įtempti raumenys gali pradėti traukti stuburą, klubus ir kitus kaulus bei sąnarius, taip sukeldami nenatūralius kūno judesius. Periodiškas atsikėlimas nuo kėdės ir tempimas gali padėti išvengti skausmo ir padidinti kraujotaką, o naudojant ergonomišką kėdę gali padidėti apatinės nugaros, kaklo ir pečių atrama.