Protrombino geno mutacijos, žinomos kaip II faktoriaus mutacijos, yra genetiškai susijusios, todėl įgyjamos paveldėjimo būdu. Šis genas yra atsakingas už protrombino gamybą, kuris in vivo paverčiamas trombinu, todėl šis defektas kartais žinomas kaip trombino geno mutacija. Savo ruožtu trombinas vandenyje tirpų fibrinogeną paverčia netirpia molekule fibrinu, kuris yra esminis kraujo krešėjimo mechanizmo komponentas. Trombino genų mutacijos yra antras pagal dydį trombozės arba gilių kraujo krešulių susidarymo kraujagyslėse rizikos veiksnys šalia V faktoriaus mutacijos.
Trombino geno mutacija yra įgimta, todėl žmogus gali turėti vieną arba dvi mutavusio geno kopijas, o dvi kopijos kelia daug didesnę trombozės riziką. Trombino geno mutacija yra autosominė dominuojanti mutacija, o tai reiškia, kad asmuo, turintis vieną mutacijos kopiją, turi 50 procentų galimybę perduoti ją savo vaikams. Tiek vyrai, tiek moterys, taip pat bet kokios kraujo grupės asmenys turi vienodą riziką paveldėti šį geną ir, jei tai paveldi, susirgti tromboze.
Ši mutacija paprastai nėra paveldima su kitomis mutacijomis ir apima taškinę mutaciją 20210 protrombino geno padėtyje, esančioje 11-oje chromosomoje. Maždaug 1–2 procentai baltaodžių populiacijos yra heterozigotiniai dėl II faktoriaus mutacijos, o tai reiškia, kad tie žmonės turi vieną defektuoto geno kopiją. Paplitimo rodiklis yra daug mažesnis tarp kitų rasių žmonių.
Kai ši mutacija yra paveldima, ji sulėtina protrombino pasiuntinio RNR skilimą, todėl padidėja protrombino gamyba, o tai lemia didesnį trombino kiekį kraujyje. Savo ruožtu krešėjimo procesas gali vykti daug lengviau, nes trombino perteklius dalyvauja fibrino susidarymo pakopoje, kuri gali baigtis tromboze. Trombino geno mutacija giliųjų venų trombozės riziką padidina maždaug du ar tris kartus. Taip pat yra ir kitų pavojų sveikatai dėl padidėjusio trombino kiekio, ypač pasikartojančio persileidimo.
Trombino geno mutacija padidina trombozės riziką, tačiau tai nebūtinai reiškia, kad žmogus susirgs šiuo sutrikimu. Yra ir kitų rizikos veiksnių, galinčių padidinti trombozės tikimybę, ypač esant mutavusiai geno kopijai. Šie rizikos veiksniai yra geriamųjų kontraceptikų vartojimas, kitos genetinės mutacijos, vadinamos V faktoriaus mutacija, paveldėjimas, pastojimas, rūkymas, nutukimas arba ilgas nejudrumas.