Storosios žarnos hidroterapijos klinikoje apmokyti specialistai, pavyzdžiui, natūropatai, atlieka procedūras, kurių metu storoji žarna užpildoma skysčiu ir pakartotinai nusausinama, kad išplautų gaubtinėje žarnoje susikaupusią medžiagą. Norėdami tai padaryti, į tiesiąją žarną įkišamas vamzdelis. Vamzdis tiekia skystį į gaubtinę žarną. Kai dvitaškis prisipildo arba pilnas skysčio, gydymą atliekantis terapeutas gali masažuoti kliento pilvą, kad padėtų išsivalyti. Skysčio, kuris naudojamas storosios žarnos valymui, temperatūra ir slėgis paprastai reguliuojamas aparatu, kuris taip pat leidžia klientui matyti medžiagą, kuri išeina iš jo gaubtinės žarnos.
Tam, kad procesas būtų kuo patogesnis, storosios žarnos hidroterapijos klinikoje dažniausiai klientui yra skirtas patogus paminkštintas stalas, ant kurio gali atsigulti. Stalas dažniausiai primena masažo stalą. Taip pat, kad vamzdelio įvedimo į tiesiąją žarną procesas būtų kuo patogesnis, klinikoje dažniausiai po ranka yra natūralūs arba sintetiniai lubrikantai, kuriais dengiamas vamzdelio galas. Tokie lubrikantai gali būti grynas kokosų aliejus arba lubrikantai, kurie kitaip naudojami seksualiniam malonumui sustiprinti.
Įprasta, kad gaubtinės žarnos hidroterapijos klinika siūlo kelių rūšių skysčius, kurie gali būti naudojami storajai žarnai išvalyti. Pats paprasčiausias skystis, kurį galima naudoti, yra išgrynintas vanduo. Kai kurie žmonės pasirenka naudoti vandenį, užpiltą žolelėmis, o kiti pasirenka naudoti kavą, kad išvalytų gaubtinę žarną. Storosios žarnos hidroterapijos klinika taip pat gali pasiūlyti gaubtinę žarną, kuri apima vandens, į kurį įpilta česnako, naudojimą. Klientai taip pat gali leisti terapeutui seanso metu reguliuoti skysčio temperatūrą ir slėgį, kad patirtis būtų kuo patogesnė.
Nors klientai turi nusivilkti apatinių kūno dalių drabužius, kad galėtų atlikti gaubtinės žarnos hidroterapijos seansus, gaubtinės žarnos hidroterapijos klinika paprastai dirba labai sunkiai, kad pacientai jaustųsi kuo labiau atsipalaidavę. Prieš hidroterapijos seansą klientui suteikiamas terapijos kambarys, kur reikia nusirengti ir pagulėti po antklode, paklode ar rankšluosčiu. Terapeutas, vedantis seansą, paprastai gali užbaigti didžiąją seanso dalį, klientui neatidengdamas privačių apatinės kūno dalių.