Septinėse sistemose, naudojamose buitinėms ir kitoms nuotekoms valyti, paprastai naudojamos bakterijos, kurios padeda atliekas perdirbti į galutinį šalinamą produktą, vadinamą nuotekomis. Anaerobinėse sistemose dalyvauja bakterijos, kurioms atliekoms apdoroti nereikia deguonies. Tačiau aerobinėje sistemoje deguonis reikalingas. Paprastai jis turi būti pumpuojamas į sistemą, kad bakterijos galėtų apdoroti atliekas. Aerobinės sistemos turi tam tikrų trūkumų, palyginti su anaerobinėmis sistemomis, tačiau jos yra tinkamesnės naudoti tam tikromis aplinkybėmis.
Aerobinėje sistemoje bakterijos naudojamos išankstiniam nuotekų valymui, kad jos būtų saugiai pašalintos. Tokios bakterijos naudoja deguonį ir atliekas, pumpuojamas į talpyklą, kaip energijos šaltinius savo išlikimui ir augimui. Dėl to atliekos suyra ir mažėja kenksmingų mikroorganizmų koncentracija galutiniame skystame atliekų produkte. Yra trys pagrindiniai aerobinio apdorojimo sistemos (ATS) tipai: sustabdyto augimo sistema, sekvenavimo paketinis reaktorius ir fiksuotos plėvelės reaktorius.
Bakterijos plūduriuoja visame pagrindiniame rezervuare sustabdyto augimo sistemoje. Oras pumpuojamas per visas skystas atliekas. Apdorotos kietosios atliekos nusėda antriniame rezervuare, o bakterijos grąžinamos atgal į pagrindinį rezervuarą. Tada apdorotos skystos atliekos išvedamos vamzdžiais iš ATS. Norint išvengti sustabdyto augimo sistemos užsikimšimo, svarbu išlaikyti tinkamą atliekų, nuotekų ir bakterijų pusiausvyrą.
Sekvenavimo partijos reaktorius yra panašus į sustabdyto augimo sistemą, nes bakterijos laisvai plūduriuoja visame rezervuare. Tačiau skilimas ir nusėdimas vyksta tik vienoje talpykloje. Oras į šį vieną rezervuarą tiekiamas tik skilimo fazės metu. Nusėdimo fazės metu jis išjungiamas, kad kietosios medžiagos galėtų nusėsti į rezervuaro dugną. Tada nuotekos išpumpuojamos iš rezervuaro ir taip užbaigiamas ciklas.
Bakterijos laisvai plūduriuoja šiose dviejų tipų sistemose, o fiksuotos plėvelės reaktoriuje esančios bakterijos yra pritvirtintos prie konkretaus paviršiaus. Skilimas vyksta viename rezervuare, o nusėdimas – antrame. Oras tiekiamas tik į skilimo bako zoną su paviršiumi, prie kurio prisitvirtina bakterijos. Bakterijų recirkuliacija atgal į skilimo baką yra nereikalinga, nes bakterijos visada lieka prisirišusios prie paviršiaus, kuriame jos auga.
Bet kurio iš šių tipų aerobinė sistema paprastai yra brangesnė nei tradicinė anaerobinė sistema tiek pradinių sąnaudų, tiek priežiūros požiūriu. Tokios sistemos paprastai yra sudėtingesnės ir apima daugiau judančių dalių nei tradicinės sistemos. Jiems reikia elektros energijos sistemai, cirkuliuojančiai orui skaidymosi fazės metu, todėl jie taip pat yra susiję su nuolatinėmis eksploatacinėmis sąnaudomis.
Nepaisant didesnių su tokia sistema susijusių išlaidų, tam tikromis aplinkybėmis aerobinė sistema gali būti tinkamiausia arba galbūt net vienintelė galimybė. Gaminant aukštesnės kokybės nuotekas, tokia sistema puikiai tinka jautrioms aplinkos zonoms. Dėl erdvės apribojimų taip pat gali prireikti aerobinės sistemos, kur nebūtų įmanomas didelis drenažo laukas.
Kai kuriose vietose neleidžiama naudoti aerobinės sistemos dėl vyriausybės kodeksų ir taisyklių. Kiti leidžia naudoti aerobinę sistemą, tačiau reikalauja, kad savininkas sudarytų sutartį su profesionalu, kad užtikrintų tinkamą sistemos priežiūrą. Kai kuriose vietose gali prireikti aliarmų, kad įspėtų savininką apie sistemos gedimą. Aerobinės sistemos įrengimo ir priežiūros kodeksus ir taisykles paprastai administruoja valstybinės ar vietinės agentūros, tokios kaip sveikatos departamentas.