Antrosios pakopos studijų nereikia visų tipų magistrantūros ar magistrantūros studijoms. Daugelis programų pakeičia kitokį, bet dažnai ne mažiau griežtą baigiamojo darbo reikalavimą, kuris nebūtinai apima originalų tyrimą. Pavyzdžiui, absolventų filmų programose studentams gali tekti užbaigti filmą arba parašyti scenarijų, kad įvykdytų savo baigiamojo darbo reikalavimą. Paprastai magistrantūros moksliniai tyrimai reikalingi tik norint baigti laipsnius, kurie turi natūralų mokslinių tyrimų komponentą, susijusį su profesine sritimi, pavyzdžiui, fiziniais ir gyvosios gamtos mokslais, humanitariniais mokslais, filosofija ar psichologija.
Pirmasis žingsnis baigiant magistrantūros studijas yra sukurti pagrindinį klausimą, į kurį bus atsakyta projekte. Neturėdamas tikslaus pagrindinio klausimo ar tikslo, studentas negali žinoti, ką jam reikės ištirti arba kokių veiksmų imtis toliau. Studentai gali praleisti keletą mėnesių kurdami savo baigiamojo darbo klausimą ir gali prireikti atlikti išsamų preliminarų tyrimą, kad nustatytų tinkamą būdą užduoti jiems dominantį klausimą. Dažnai dėstytojai ar baigiamųjų darbų konsultantai turės patvirtinti baigiamojo darbo klausimą ar projektą, kad studentas galėtų pradėti magistrantūros studijas.
Tyrimų rinkimas ir analizė gali užtrukti metų metus. Yra daug skirtingų tyrimų tipų, ir kiekvienas antrosios pakopos studijų projektas turės savo reikalavimus, keliamus reikalingo pasirengimo kiekiui ir tipui. Tyrėjas gali atlikti mokslinius eksperimentus, interviu, skaityti istorinius dokumentus ir atlikti lauko darbus. Be to, studentas turi atlikti kiekvieną tyrimą, naudodamas pagrindinius įgūdžius, reikalingus savo srities profesionalui. Dėmesys detalėms, tinkamas eksperimentinių metodų supratimas ir loginis mąstymas gali būti svarbesni magistrantūros studijų rezultatams nei tikroji paties baigiamojo darbo projekto sėkmė.
Antrosios pakopos studijoms dažnai reikia geresnių organizacinių įgūdžių ir dėmesio detalėms. Kadangi baigiamojo darbo projektas dažnai yra skirtas įvertinti, kaip studentas gali pritaikyti savo tyrimo įgūdžius, svarbu aiškiai ir kruopščiai dokumentuoti visus tyrimo metodus. Net jei tyrimo išvados išsklaido pradines studento prielaidas ar hipotezes, dažnai baigiamųjų darbų komisijai svarbi yra tyrimo procese taikoma metodika ir logika, o ne išvados.