Kartu su viršutiniais kvėpavimo takais apatiniai kvėpavimo takai sudaro kvėpavimo sistemą. Mažėjančia tvarka jis prasideda nuo trachėjos, kuri taip pat žinoma kaip vėjo vamzdis. Trachėja dalijasi į du pagrindinius bronchus, o po vieną bronchą patenka į vieną iš plaučių poros. Kai bronchai išsišakoja ir tampa mažesni plaučiuose, jie galiausiai leidžia įvykti dujų mainams. Deguonies ir anglies dioksido mainų vieta vadinama kvėpavimo zona.
Apatinių kvėpavimo takų viršuje yra trachėja. Jis jungia virš jos esančias gerklas su pagrindiniais bronchais. Tai lankstus, tuščiaviduris vamzdelis, kuris gali išsitempti kaklo judesiais. Jame taip pat yra tvirtų kremzlių žiedų, kurie neleidžia sugriūti kvėpuojant. Priešingu atveju taip gali nutikti dėl oro slėgio pokyčių, dėl kurių oras patenka į plaučius ir iš jų.
Iš trachėjos atsišakoja du pagrindiniai bronchai. Kiekvienas iš jų perneša orą į atskirus plaučius. Kartu jie sudaro vadinamojo bronchų medžio galvą. Bronchų medyje yra vis mažesnių bronchų vamzdelių tinklas, kuris pirmiausia atsiskiria nuo pagrindinių bronchų. Galiausiai jie baigiasi struktūromis, vadinamomis bronchiolais, kurios yra labai mažos.
Broncholiai yra beveik mažiausia apatinių kvėpavimo takų dalis. Tolimiausiame ir mažiausiame bronchų medžio gale yra alveolės. Tai vieta, kur deguonis iš oro patenka į kraują, o anglies dioksidas patenka į oro užpildytas alveoles. Čia šios dujos patenka į ir išeina per itin mažas kraujagysles, kurias veikia oras.
Plaučiai yra atsakingi už oro judėjimą per viršutinius ir apatinius kvėpavimo takus. Jie traukia orą, kai susitraukia raumenys, todėl jie plečiasi. Dėl oro slėgio skirtumo oras patenka į plaučius. Išsiplėtę jie natūraliai atsitraukia prieš kitą įkvėpimą.
Apatinius kvėpavimo takus gali paveikti daugybė ligų ir sutrikimų. Lėtinis bronchitas neigiamai veikia normalią dujų apykaitą ir dažniausiai pasireiškia rūkantiems. Plaučių uždegimas, kurį sukelia virusai ar bakterijos, gali rimtai sutrikdyti kvėpavimą, nes per ilgą laiką kaupiasi skysčiai ir yra dažna sergančių žmonių mirties priežastis. Tuberkuliozė, kurią sukelia bakterinė plaučių infekcija, pasikartojančių protrūkių metu silpnina organizmą. Emfizema dažniausiai atsiranda dėl rūkymo ir yra pažymėta nuolatiniu alveolių pažeidimu.