Augalų patogenas yra ligas sukeliantis organizmas, kuris puola augalus. Augalų patogenai domina dėl daugelio priežasčių: nuo susirūpinimo dėl trapių ekosistemų iki noro apsaugoti maisto tiekimą. Yra daug rūšių patogenų, kurie gali būti nukreipti į augalus, įskaitant virusus, bakterijas, pirmuonius, parazitus, kirminus ir archajas. Žmonės, tyrinėjantys augalų patogenus, yra žinomi kaip fitopatologai arba augalų patologai.
Augalų patogenai gali užpulti įvairiais būdais. Kai kurie kolonizuoja augalo audinius, kiti nusėda ant augalo paviršiaus, o kiti gali eiti į konkrečias sritis, tokias kaip šaknys, stiebai ir lapai. Patogenai dažniausiai sukelia tokias problemas kaip audinių mirtis, rudavimas, vaisiaus sumažėjimas, gėlių sodinimo problemos ir kt. Kraštutiniais atvejais jie gali nužudyti augalą šeimininką.
Kaip ir žmones puolantys patogenai, augalų patogenai yra labai įvairūs. Augalų patogenas galėjo išsivystyti tam, kad užpultų konkrečią augalų gentį ar rūšį arba plačiau užkrėstų daugumą augalų. Kai kurie augalų patogenai naudojasi specifiniais biologiniais procesais, kurie gali vykti šeimininkų rūšyse, o kiti pasitenkina augalų naudojimu namuose, nes turi vertingų išteklių, pavyzdžiui, maistinių medžiagų.
Žemės ūkyje augalų patogenai kasmet padaro didelę žalą. Kai augalą užpuolė augalų patogenas, jo produktai paprastai negali būti parduoti. Investicijos į augalą yra nenaudingos dėl patogeno, o patogenų naikinimas lauke ir kiti užkrėtimo iškritimai paprastai reikalauja didelių išlaidų. Kai kuriais atvejais laukas taip suserga, kad jam reikia leisti keletą metų pagulėti pūdyme, kad atsigautų, kol vėl bus bandoma auginti javus.
Augalų patogenas taip pat gali kelti susirūpinimą, kai jis netyčia įvežamas arba sąmoningai patenka į pažeidžiamą ekosistemą. Kai kurioms salų tautoms tai ypač rūpi, nes jos turi unikalią florą, kurią gali sunaikinti iš žemyno įvežtas patogenas. Ligos sukėlėjai taip pat gali būti problema, kai jie plinta tarp rajonų; Pavyzdžiui, vynuoges puolantis ir tik Europoje apsiribojantis patogenas gali kelti didelę grėsmę, jei pasieks Australijos vynines, kurios gali būti nepasirengusios valdyti patogeno.
Ekologai domisi patogenų, galinčių užkrėsti augalus, tyrimais, jų poveikiu įvairioms rūšims ir ekosistemoms. Kai augalai miršta ir susiduria su kitomis problemomis, dažnai priežastis yra augalų patogenas, todėl gali būti iškviestas patologas, kuris išsiaiškins, kuris sukėlėjas yra atsakingas, ir parengs jo valdymo planą.