Baltymų antigenas yra baltymas, galintis stimuliuoti imuninės sistemos antikūnų gamybą ir į kurį imuninė sistema reaguos, jei jis bus nustatytas organizme. Antigenai gali būti pagaminti iš daugelio junginių, o baltymų antigenai yra vieni iš labiausiai paplitusių. Mokslininkai, kurie domisi imunine sistema ir ligų eiga, nustatė daugybę baltymų antigenų, o antigenai plačiai naudojami atliekant tyrimus, diagnozuojant ir gydant.
Egzogeninis baltymo antigenas yra baltymas, kurį už kūno gamina kitas organizmas. Pavyzdys gali būti baltymas, kurį gamina virusas, kurį kas nors praryja. Kai imuninė sistema mato šį baltymą, ji atpažįsta jį kaip svetimą ir skatina antikūnų, kurie gali užsifiksuoti ir atakuoti antigeną, gamybą. Tai viena iš organizmo apsaugos nuo ligų sukėlėjų linijų.
Endogeniniai baltymų antigenai gaminami organizme. Jie labai dažnai pastebimi ląstelių mirties atveju. Kūno ląstelės gali užprogramuoti save gaminti šiuos antigenus, kad imuninė sistema žinotų, kada laikas suskaidyti ląstelę ir perdirbti jos komponentus. Šio tipo baltymo antigeną taip pat gali naudoti imuninė sistema, kad užkrėstos ląstelės būtų sunaikinti.
Kitas baltymų antigeno tipas yra autoantigenas. Autoantigenai yra medžiagos, kurios paprastai randamos organizme ir paprastai suprantamos kaip nekenksmingos, kurias organizmas pradeda identifikuoti kaip antigeną. Autoantigenai yra susiję su autoimuninėmis ligomis, kai organizmas pradeda atakuoti save, nes imuninės sistemos programavimas suklysta. Šiuo atveju imuninė sistema nusprendžia, kad baltymas, kuris iš tikrųjų yra kūno dalis, yra kenksmingas, o imuninė sistema stengiasi jį pašalinti, net jei tai gali pakenkti organizmui.
Vakcinacija gali apimti kontroliuojamą antigeno, dažnai baltyminio antigeno, įvedimą į organizmą, kad jis galėtų susidaryti antikūnus, nesukeliant ligos rizikos. Antigenai taip pat gali būti naudojami atliekant tyrimus; jei gydytojas įtaria, kad pacientas turi tam tikrą virusą, pavyzdžiui, kraujo mėginys gali būti įtrauktas į atrinktus antigenus, kad būtų galima pamatyti, su kuriais antigenais jis jungiasi. Antigenų nustatymas taip pat gali būti svarbus atliekant kraujo tyrimus, siekiant nustatyti, ar kai kurie iš jų yra atsparūs ligai, ar kas nors buvo paveiktas liga.