Kai bankomatas (ATM) dirba su bankų tinklu, kad patvirtintų finansinę operaciją, tai vadinama bankomatų apdorojimu. Tai kelių žingsnių veiksmas, trunkantis vos kelias sekundes. Naudodamas telefono linijas ir banko sąskaitų įrašus, aparatas žino, ar kortelės turėtojas turi lėšų pašalinti pinigus iš sąskaitos. Apdorojimas reiškia ne tik pinigų išėmimą, nes jis taip pat naudojamas banko likučiui patikrinti ir lėšų įnešimui.
Bankomato apdorojimas pinigų išėmimo metu prasideda asmeniniame bankomate, kai kortelės turėtojas įdeda banko kortelę ir įveda tos kortelės slaptą kodą. Kodas suteikia aparatui leidimą pradėti apdoroti šią kortelę. Aparatas jau prijungtas prie veikiančios telefono linijos ir surenka konkretų nemokamą numerį, suteikiantį prieigą prie bankomatų aljanso. Tada įrenginys pateikia savo terminalo identifikavimo numerį, todėl tinklas žino įrenginio vietą.
Toliau su banku susisiekiama bankomato apdorojimo metu. Visi bankai turi specialią liniją, panašią į internetą, kuri eina per telefono sistemą ir leidžia bankomatams pasiekti pasirinktos sąskaitos informaciją. Turėdamas kortelę ir atitinkamą slaptą kodą, bankas patikrins tą konkrečią sąskaitą, kad patikrintų jos lėšas.
Bankas peržiūri kortelės turėtojo sąskaitą, kad įsitikintų, jog yra pakankamai pinigų prašomam išėmimui iš bankomato padengti, įskaitant bankomatų mokesčius. Jei sąskaita išvaloma, bankas per šį bankomato apdorojimo etapą išsiunčia pranešimą atgal į bankomatą. Šis pranešimas įgalioja aparatą išduoti pinigus kortelės turėtojui. Nuostabu, kad šis procesas paprastai trunka mažiau nei minutę, paprastai tik kelias sekundes. Prieš daugelį metų, kai internetinės technologijos dar buvo neapdorotos, apdorojimas užtruko daug daugiau laiko, tačiau dabar tai vyksta beveik akimirksniu.
Bankomatų apdorojimas dažniausiai siejamas su pinigų išėmimu, tačiau bankomatas gali atlikti ir kitas pareigas. Mašinos, susijusios su kortelės turėtojo banku, paprastai priima indėlius. Jie veikia atvirkščiai – paima čekius ir informuoja banką, kad ši suma būtų įtraukta į kortelės turėtojo sąskaitą. Kitas būdas, kurį reikia apdoroti, yra sąskaitos likučio patikrinimas. Paprastai tai galima atlikti bet kuriame bankomate ir vadovaujantis tomis pačiomis apdorojimo gairėmis, tačiau išrašomas sąskaitos likutis kvite, užuot duodamas operatoriui grynųjų.