Barokiniai vargonai yra vamzdiniai vargonai, pastatyti tam tikru stiliumi ir pagal tam tikras specifikacijas baroko eroje. Šis laikotarpis truko maždaug nuo 1685 iki 1750 m. Per šį laiką buvo daug naujovių mene, muzikoje ir architektūroje, o vamzdžių vargonų dizainas smarkiai pasikeitė, padidindamas jų dydį, galią ir muzikinį diapazoną. Garsūs baroko kompozitoriai, tokie kaip Johanas Sebastianas Bachas Vokietijoje, bendradarbiavo su meistrais vargonų kūrėjais, kad pagamintų vienus geriausių kada nors pagamintų vargonų.
Baroko muzika buvo labai puošni ir turtingos tekstūros. Barokiniai vargonai, dažniausiai siejami su religine muzika, buvo daug galingesni už Renesanso epochos pirmtakus. Jis dažnai buvo naudojamas kaip solo instrumentas arba „concerto grosso“ dalis, du ar daugiau solinių instrumentų kartu su orkestru. Bacho „Šv. Mato pasija“, kurioje naudojami du vargonai, parašyta 1727 m. ir laikoma vienu iš Vakarų sakralinės muzikos šedevrų.
Baroko laikotarpiu vargonai tapo „pleno“ arba pilni vargonai. Pavyzdžiui, viso dydžio itališkuose vamzdžių vargonuose gali būti net 600 vamzdžių ir daugiau nei 2000 dalių. Vieni didžiausių tuo laikotarpiu sukurtų vargonų turi tūkstančius vamzdžių ir net septynis manualus, arba klaviatūras, prijungtas prie vargonų vamzdžių. Išorėje vargonai primena baroko katedras, kuriose jie dažnai buvo naudojami. To meto vamzdiniai vargonai turėjo būti ne tik meno kūrinys, bet ir instrumentas.
Didėjant dydžiui, barokiniai vargonai patyrė daug techninių naujovių. Toks bendradarbiavimas tarp Bacho ir vargonų meistro Gottfriedo Silbermanno padėjo įgyvendinti kai kuriuos pokyčius. Silbermannas pastatė vargonus, skirtus naudoti visoje Europoje.
Reikšmingas pokytis buvo vargonų sustojimų skaičiaus ir dizaino padidėjimas bei vadovų ir vamzdžių išdėstymas. Vargonų „stotelės“ į vamzdžius įleidžia suslėgtą orą, o vargonininkas galėjo juos įjungti arba išjungti. Pradėti kurti stotelės, galinčios imituoti kitų instrumentų garsus. Jų skaičius taip pat buvo padidintas, todėl buvo galima išgirsti daugybę garsų.
Atskiros kojų klaviatūros, sudarytos iš pedalų, buvo išplėstos, kad būtų galima geriau reguliuoti garsus. Vamzdžiai buvo suskirstyti į stelažus. Kiekvienas stovas atitiko skirtingą žingsnį, medieną ir tūrį.
Daugelis baroko vargonų dizaino naujovių tebenaudojami ir šiandien. Iš šio laikotarpio išlikę vargonai laikomi meno kūriniais, daugelis jų eksponuojami muziejuose. Kai kurie dizainai buvo atkurti šiuolaikiniam naudojimui.