Vidurinėje smegenų dalyje esantys baziniai ganglijai yra smegenų sritis, atsakinga už didelę motorikos kontrolę ir mokymąsi. Ši sritis veikia kartu su smegenų žieve ir talamu, kad padėtų mums priimti sprendimus ir keisti veiklą. Jį sudaro striatum, pallidium, substanta nigra ir subtalaminis branduolys.
Baziniai ganglijai yra gyvybiškai svarbi smegenų dalis ir dažnai yra atsakingi už neurologines problemas. Šio smegenų segmento problemos yra atsakingos už Huntingtono ligą, Parkinsono ligą, obsesinį-kompulsinį sutrikimą ir Tourette sindromą. Per didelis šios srities stimuliavimas gali sukelti šizofreniją.
Insultas bazinių ganglijų srityje gali būti niokojantis. Insultas, paveikiantis šią sritį, gali sukelti jutimo praradimą, nesugebėjimą tinkamai kalbėti ar vartoti kalbą, vadinamą afazija, regos sutrikimais, judėjimo kontrolės praradimu, paralyžiumi ir koma. Insultai, atsirandantys šioje smegenų dalyje, paprastai yra hemoraginiai insultai, kurie išsivysto, kai kraujagyslėse padidėja slėgis, dėl kurio atsiranda plyšimas. Viena iš pagrindinių insulto priežasčių šiame regione yra aukštas kraujospūdis. Kiekvienas, kuriam pasireiškia insulto simptomai, turėtų skambinti 911 arba susirasti transportą į artimiausią greitosios pagalbos skyrių. Sutrumpinant laiką iki gydymo pradžios po insulto, sumažėja ilgalaikė žala.
Baziniai ganglijai organizme atlieka daug pagrindinių ir sudėtingų funkcijų. Išsamus šios srities tyrimas buvo atliktas dėl jos ryšio su Parkinsono ir Hantingtono ligomis. Vienas iš įdomesnių veiksnių, susijusių su šia smegenų dalimi, yra jos įtaka motyvacijai. Organizmo reakcija į Parkinsono ligą rodo, kad pažeisti baziniai ganglijai turi įtakos motyvacijai.
Daugybė atvejų, kai pacientai, kurie buvo nejudrūs dėl Parkinsono ligos, kritiniais atvejais nustatė, kad pacientai galėjo išsivaduoti iš pavojingos situacijos, pavyzdžiui, namo gaisro. Tie patys pacientai negalėjo patys maitintis.
Bazinių ganglijų įtaką motyvacijai galima pastebėti ir sveikiems asmenims. Skanus maistas ir seksas sukelia malonumą giliai smegenyse. Ši motyvacija gali būti naudinga arba kai kuriais atvejais žalinga. Daugėja įrodymų, kad šią smegenų dalį, kuri yra atsakinga už euforijos jausmą ir vadinamą atlygio centru, labai veikia narkotikai. Narkotikai, tokie kaip kokainas ir nikotinas, sustiprina dopamino receptorius šioje smegenų srityje, todėl padidėja šių medžiagų poveikio nauda.