Biodyzelinas yra medžiaga, panaši į naftos pagrindu pagamintą dyzeliną, išskyrus tai, kad jis gaminamas iš augalinių šaltinių, tokių kaip mikrodumbliai ir kokosai, o ne nafta. Nors tam tikromis aplinkybėmis biodyzelinas gali atsirasti natūraliai, tokios aplinkybės yra retos ir gali užtrukti ne vienerius metus. Biodyzelino reaktorius sutrumpina laiką ir paverčia procesą pusiau automatizuotu arba visiškai automatizuotu, kad būtų galima sukurti komercinį biodyzelino kiekį. Yra du pagrindiniai biodyzelino reaktorių tipai: šlyties ir ultragarsiniai. Abu naudojami su biodyzelinu skirtingais būdais, tačiau abiem atvejais reaktoriaus operatoriui mažai įdirbant sukuriami dideli biodyzelino kiekiai.
Visas biodyzelinas yra augalinės kilmės žaliava. Kai kurios žaliavos yra mikrodumbliai, kokosai ir panaudotas arba grynas augalinis aliejus. Tada biodyzelino reaktorius veikia su žaliava ir sukelia cheminę reakciją, vadinamą peresterifikavimu. Šiame procese žaliava yra padalinta į dvi medžiagas: gliceriną ir metilo esterius.
Glicerinas yra šalutinis proceso produktas ir yra saldus alkoholis. Po pagaminimo glicerinas paprastai naudojamas kitose pramonės šakose drėkinamiesiems kremams ar muilams gaminti, todėl glicerinas nėra švaistomas ar išmetamas. Kita medžiaga, metilo esteris, yra cheminis biodyzelino pavadinimas. Šiame etape biodyzelinas toliau rafinuojamas, kad būtų sukurti kiti biodegalai, maišomas su naftos dyzelinu, kad būtų sukurtas dyzelino mišinys, užtikrinantis tvarumą ir tinkamumą naudoti esant žemai temperatūrai, arba naudojamas iš karto be mišinio ar papildomo apdorojimo.
Ultragarsinis biodyzelino reaktorius naudoja ultragarso bangas, kad sudarytų biodyzelino žaliavos burbulą. Dėl ultragarso bangų susidaro burbuliukai ir jie suyra, sukeldami karščio ir slėgio reakciją, dėl kurios žaliavos peresterifikuojasi. Ultragarsinis biodyzelino reaktorius paprastai naudojamas dideliems ar komerciniams poreikiams, nes šie įrenginiai sunkiai sukuria mažesnį biodyzelino kiekį. Šie blokai taip pat paprastai reikalauja mažiau operatorių darbo ir veikia automatiškesniu tempu nei šlyties reaktoriai.
Šlyties biodyzelino reaktorius naudojamas laboratorijose, kurioms bandymams atlikti reikia nedidelio biodyzelino kiekio, jį gali naudoti kvalifikuotas asmuo namuose, taip pat gali būti padidintas komerciniam naudojimui. Šie įrenginiai naudoja šilumą ir sumažina biodyzelino žaliavos lašelių dydį, kad sukeltų peresterinimą. Paprastai biodyzelinas pagaminamas nuo 30 minučių iki keturių valandų, priklausomai nuo įrenginio. Šie įrenginiai reikalauja daugiau operatorių darbo, tačiau pats įrenginys yra universalesnis, kai sukuria skirtingą derlių ir geriau veikia su kietomis žaliavomis nei ultragarsiniai biodyzelino reaktoriai.